معرفی شرکت ها

segemehl_0.3.4-5_s390x.deb

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

short read mapping with gaps
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Debian Bookworm-12
مخزن Debian main s390x
نام بسته segemehl
نام فایل بسته segemehl_0.3.4-5_s390x.deb
نسخه بسته 0.3.4
انتشار بسته 5
معماری بسته s390x
نگهدارنده Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی http://www.bioinf.uni-leipzig.de/Software/segemehl/
مجوز -
حجم دانلود 270236
حجم نصب 1337
Segemehl is a software to map short sequencer reads to reference genomes. Segemehl implements a matching strategy based on enhanced suffix arrays (ESA). Segemehl accepts fasta and fastq queries (gzip'ed and bgzip'ed). In addition to the alignment of reads from standard DNA- and RNA-seq protocols, it also allows the mapping of bisulfite converted reads (Lister and Cokus) and implements a split read mapping strategy. The output of segemehl is a SAM or BAM formatted alignment file. In the case of split-read mapping, additional BED files are written to the disc. These BED files may be summarized with the postprocessing tool haarz. In the case of the alignment of bisulfite converted reads, raw methylation rates may also be called with haarz. . In brief, for each suffix of a read, segemehl aims to find the best-scoring seed. Seeds might contain insertions, deletions, and mismatches (differences). The number of differences allowed within a single seed is user-controlled and is crucial for the runtime of the program. Subsequently, seeds that undercut the user-defined E-value are passed on to an exact semi-global alignment procedure. Finally, reads with a minimum accuracy of percent are reported to the user.


جایگزین ها

بسته نسخه معماری مخزن
segemehl_0.3.4-5_amd64.deb 0.3.4 amd64 Debian main
segemehl_0.3.4-5_arm64.deb 0.3.4 arm64 Debian main
segemehl_0.3.4-5_armel.deb 0.3.4 armel Debian main
segemehl_0.3.4-5_armhf.deb 0.3.4 armhf Debian main
segemehl_0.3.4-5_i386.deb 0.3.4 i386 Debian main
segemehl_0.3.4-5_mips64el.deb 0.3.4 mips64el Debian main
segemehl_0.3.4-5_mipsel.deb 0.3.4 mipsel Debian main
segemehl_0.3.4-5_ppc64el.deb 0.3.4 ppc64el Debian main


نیازمندی

مقدار نام
>= 2.29 libc6
>= 1.10 libhts3
>= 1:1.2.2.4 zlib1g


نحوه نصب


نصب پکیج deb segemehl:

    sudo apt-get install segemehl_0.3.4-5_s390x.deb


فایل ها

مسیرها
./usr/bin/haarz
./usr/bin/segemehl
./usr/share/doc/segemehl/README.test
./usr/share/doc/segemehl/changelog.Debian.gz
./usr/share/doc/segemehl/copyright
./usr/share/doc/segemehl/examples/myseq.fa
./usr/share/doc/segemehl/examples/seq1.fa
./usr/share/doc/segemehl/examples/seq2.fa
./usr/share/doc/segemehl/run-unit-test
./usr/share/man/man1/haarz.1.gz
./usr/share/man/man1/segemehl.1.gz