معرفی شرکت ها
ngmlr_0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1_armhf.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Bookworm-12 |
| مخزن | Debian main armhf |
| نام بسته | ngmlr |
| نام فایل بسته | ngmlr_0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1_armhf.deb |
| نسخه بسته | 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg |
| انتشار بسته | 2+b1 |
| معماری بسته | armhf |
| نگهدارنده | Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/philres/ngmlr |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 664828 |
| حجم نصب | 1044 |
Ngmlr is a long-read mapper designed to sensitively align PacBilo or
Oxford Nanopore to (large) reference genomes. It was designed to quickly
and correctly align the reads, including those spanning (complex)
structural variations. Ngmlr uses an SV aware k-mer search to find
approximate mapping locations for a read and then a banded Smith-
Waterman alignment algorithm to compute the final alignment. Ngmlr uses
a convex gap cost model that penalizes gap extensions for longer gaps
less than for shorter ones to compute precise alignments.
جایگزین ها
| بسته | نسخه | معماری | مخزن |
|---|---|---|---|
| ngmlr_0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1_amd64.deb | 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg | amd64 | Debian main |
| ngmlr_0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1_arm64.deb | 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg | arm64 | Debian main |
| ngmlr_0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1_armel.deb | 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg | armel | Debian main |
| ngmlr_0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1_i386.deb | 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg | i386 | Debian main |
| ngmlr_0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1_mips64el.deb | 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg | mips64el | Debian main |
| ngmlr_0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1_mipsel.deb | 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg | mipsel | Debian main |
| ngmlr_0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1_ppc64el.deb | 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg | ppc64el | Debian main |
| ngmlr_0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1_s390x.deb | 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg | s390x | Debian main |
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >= 2.34 | libc6 |
| >= 3.5 | libgcc-s1 |
| >= 1.1 | libssw0 |
| >= 11 | libstdc++6 |
| >= 1:1.1.4 | zlib1g |
نحوه نصب
نصب پکیج deb ngmlr:
sudo apt-get install ngmlr_0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1_armhf.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/ngmlr |
| ./usr/share/doc/ngmlr/README.md.gz |
| ./usr/share/doc/ngmlr/README.source |
| ./usr/share/doc/ngmlr/README.test |
| ./usr/share/doc/ngmlr/changelog.Debian.armhf.gz |
| ./usr/share/doc/ngmlr/changelog.Debian.gz |
| ./usr/share/doc/ngmlr/copyright |
| ./usr/share/doc/ngmlr/examples/data/test_1/expected.txt |
| ./usr/share/doc/ngmlr/examples/data/test_1/long_name.fa |
| ./usr/share/doc/ngmlr/examples/data/test_1/ref_chr6_140kb.fa |
| ./usr/share/doc/ngmlr/examples/data/test_2/expected.bed |
| ./usr/share/doc/ngmlr/examples/data/test_2/reads_100_2200bp.fa |
| ./usr/share/doc/ngmlr/examples/data/test_2/ref_chr21_20kb.fa |
| ./usr/share/doc/ngmlr/examples/data/test_2/result.bed |
| ./usr/share/doc/ngmlr/examples/data/test_3/read.fa.gz |
| ./usr/share/doc/ngmlr/examples/data/test_3/reference.fasta.gz |
| ./usr/share/doc/ngmlr/examples/data/test_4/expected.txt |
| ./usr/share/doc/ngmlr/examples/data/test_4/read.fa.gz |
| ./usr/share/doc/ngmlr/examples/data/test_4/reference.fasta.gz |
| ./usr/share/doc/ngmlr/examples/data/test_5/read.fa.gz |
| ./usr/share/doc/ngmlr/examples/data/test_5/reference.fasta.gz |
| ./usr/share/doc/ngmlr/examples/data/test_6/read.fa.gz |
| ./usr/share/doc/ngmlr/examples/data/test_6/reference.fasta.gz |
| ./usr/share/doc/ngmlr/examples/test_1.sh |
| ./usr/share/doc/ngmlr/examples/test_2.sh |
| ./usr/share/doc/ngmlr/examples/test_3.sh |
| ./usr/share/doc/ngmlr/examples/test_4.sh |
| ./usr/share/doc/ngmlr/examples/test_5.sh |
| ./usr/share/doc/ngmlr/examples/test_6.sh |
| ./usr/share/doc/ngmlr/examples/test_travis.sh |
| ./usr/share/doc/ngmlr/run-unit-test |
| ./usr/share/man/man1/ngmlr.1.gz |