معرفی شرکت ها
flye_2.9.1+dfsg-1_amd64.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
de novo assembler for single molecule sequencing reads using repeat graphs
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Bookworm-12 |
| مخزن | Debian main amd64 |
| نام بسته | flye |
| نام فایل بسته | flye_2.9.1+dfsg-1_amd64.deb |
| نسخه بسته | 2.9.1+dfsg |
| انتشار بسته | 1 |
| معماری بسته | amd64 |
| نگهدارنده | Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/fenderglass/Flye |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 23170048 |
| حجم نصب | 36881 |
Flye is a de novo assembler for single molecule sequencing reads, such
as those produced by PacBio and Oxford Nanopore Technologies. It is
designed for a wide range of datasets, from small bacterial projects to
large mammalian-scale assemblies. The package represents a complete
pipeline: it takes raw PacBio / ONT reads as input and outputs polished
contigs. Flye also has a special mode for metagenome assembly.
جایگزین ها
| بسته | نسخه | معماری | مخزن |
|---|---|---|---|
| flye_2.9.1+dfsg-1_arm64.deb | 2.9.1+dfsg | arm64 | Debian main |
| flye_2.9.1+dfsg-1_mips64el.deb | 2.9.1+dfsg | mips64el | Debian main |
| flye_2.9.1+dfsg-1_ppc64el.deb | 2.9.1+dfsg | ppc64el | Debian main |
| flye_2.9.1+dfsg-1_s390x.deb | 2.9.1+dfsg | s390x | Debian main |
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >= 2.34 | libc6 |
| >= 3.0 | libgcc-s1 |
| >= 11 | libstdc++6 |
| >= 1:1.1.4 | zlib1g |
| - | python3:any |
| - | minimap2 |
| - | samtools |
نحوه نصب
نصب پکیج deb flye:
sudo apt-get install flye_2.9.1+dfsg-1_amd64.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/flye |
| ./usr/bin/flye-modules |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/__build__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/__version__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/assembly/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/assembly/assemble.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/assembly/repeat_graph.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/assembly/scaffolder.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/config/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/config/bin_cfg/asm_corrected_reads.cfg |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/config/bin_cfg/asm_defaults.cfg |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/config/bin_cfg/asm_hifi.cfg |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/config/bin_cfg/asm_nano_hq.cfg |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/config/bin_cfg/asm_raw_reads.cfg |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/config/bin_cfg/asm_subasm.cfg |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/config/bin_cfg/nano_r94_g36_homopolymers.mat |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/config/bin_cfg/nano_r94_g36_substitutions.mat |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/config/bin_cfg/nano_r94_homopolymers.mat |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/config/bin_cfg/nano_r94_substitutions.mat |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/config/bin_cfg/pacbio_chm13_homopolymers.mat |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/config/bin_cfg/pacbio_chm13_substitutions.mat |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/config/bin_cfg/pacbio_homopolymers.mat |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/config/bin_cfg/pacbio_substitutions.mat |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/config/configurator.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/config/py_cfg.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/main.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/polishing/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/polishing/alignment.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/polishing/bubbles.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/polishing/consensus.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/polishing/polish.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/repeat_graph/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/repeat_graph/graph_alignment.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/repeat_graph/repeat_graph.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/short_plasmids/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/short_plasmids/circular_sequences.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/short_plasmids/plasmids.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/short_plasmids/unmapped_reads.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/short_plasmids/utils.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/six.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/tests/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/tests/data/ecoli_500kb.fasta |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/tests/data/ecoli_500kb_reads.fastq.gz |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/tests/data/ecoli_500kb_reads_hifi.fastq.gz |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/tests/test_toy.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/trestle/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/trestle/divergence.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/trestle/graph_resolver.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/flye/trestle/trestle.py |
| ... and 20 more |