معرفی شرکت ها
ea-utils_1.1.2+dfsg-9+b2_amd64.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
command-line tools for processing biological sequencing data
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Bookworm-12 |
| مخزن | Debian main amd64 |
| نام بسته | ea-utils |
| نام فایل بسته | ea-utils_1.1.2+dfsg-9+b2_amd64.deb |
| نسخه بسته | 1.1.2+dfsg |
| انتشار بسته | 9+b2 |
| معماری بسته | amd64 |
| نگهدارنده | Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://expressionanalysis.github.io/ea-utils/ |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 236172 |
| حجم نصب | 747 |
Ea-utils provides a set of command-line tools for processing biological
sequencing data, barcode demultiplexing, adapter trimming, etc.
.
Primarily written to support an Illumina based pipeline - but should work with
any FASTQs.
.
Main Tools are:
.
* fastq-mcf
Scans a sequence file for adapters, and, based on a log-scaled threshold,
determines a set of clipping parameters and performs clipping. Also does
skewing detection and quality filtering.
* fastq-multx
Demultiplexes a fastq. Capable of auto-determining barcode id's based on a
master set fields. Keeps multiple reads in-sync during demultiplexing. Can
verify that the reads are in-sync as well, and fail if they're not.
* fastq-join
Similar to audy's stitch program, but in C, more efficient and supports some
automatic benchmarking and tuning. It uses the same "squared distance for
anchored alignment" as other tools.
* varcall
Takes a pileup and calculates variants in a more easily parameterized manner
than some other tools.
جایگزین ها
| بسته | نسخه | معماری | مخزن |
|---|---|---|---|
| ea-utils_1.1.2+dfsg-9+b2_arm64.deb | 1.1.2+dfsg | arm64 | Debian main |
| ea-utils_1.1.2+dfsg-9+b2_armel.deb | 1.1.2+dfsg | armel | Debian main |
| ea-utils_1.1.2+dfsg-9+b2_armhf.deb | 1.1.2+dfsg | armhf | Debian main |
| ea-utils_1.1.2+dfsg-9+b2_i386.deb | 1.1.2+dfsg | i386 | Debian main |
| ea-utils_1.1.2+dfsg-9+b2_mips64el.deb | 1.1.2+dfsg | mips64el | Debian main |
| ea-utils_1.1.2+dfsg-9+b2_mipsel.deb | 1.1.2+dfsg | mipsel | Debian main |
| ea-utils_1.1.2+dfsg-9+b2_ppc64el.deb | 1.1.2+dfsg | ppc64el | Debian main |
| ea-utils_1.1.2+dfsg-9+b2_s390x.deb | 1.1.2+dfsg | s390x | Debian main |
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >= 2.34 | libc6 |
| >= 3.0 | libgcc-s1 |
| >= 2.7.1 | libgsl27 |
| >= 11 | libstdc++6 |
| >= 1:1.2.3.3 | zlib1g |
| - | r-base-core |
| - | r-cran-getopt |
| - | r-cran-hmisc |
| - | r-cran-lattice |
| - | r-cran-survival |
| - | r-cran-formula |
| - | r-cran-ggplot2 |
نحوه نصب
نصب پکیج deb ea-utils:
sudo apt-get install ea-utils_1.1.2+dfsg-9+b2_amd64.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/determine-phred |
| ./usr/bin/ea-alc |
| ./usr/bin/fastq-clipper |
| ./usr/bin/fastq-join |
| ./usr/bin/fastq-mcf |
| ./usr/bin/fastq-multx |
| ./usr/bin/fastq-stats |
| ./usr/bin/fastx-graph |
| ./usr/bin/randomFQ |
| ./usr/bin/sam-stats |
| ./usr/bin/varcall |
| ./usr/share/doc/ea-utils/README.Debian |
| ./usr/share/doc/ea-utils/README.test |
| ./usr/share/doc/ea-utils/TODO.Debian |
| ./usr/share/doc/ea-utils/changelog.Debian.amd64.gz |
| ./usr/share/doc/ea-utils/changelog.Debian.gz |
| ./usr/share/doc/ea-utils/changelog.gz |
| ./usr/share/doc/ea-utils/copyright |
| ./usr/share/doc/ea-utils/examples/adapters.fa |
| ./usr/share/doc/ea-utils/examples/data.fastq.gz |
| ./usr/share/doc/ea-utils/get-test-data |
| ./usr/share/doc/ea-utils/run-unit-test |
| ./usr/share/man/man1/determine-phred.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/ea-alc.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/fastq-clipper.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/fastq-join.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/fastq-mcf.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/fastq-multx.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/fastq-stats.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/fastx-graph.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/randomFQ.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/sam-stats.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/varcall.1.gz |
| ./usr/lib/debian-med/bin/alc -> ../../../bin/ea-alc |
| ./usr/lib/debian-med/share/man/man1/alc.1.gz -> ../../../../../share/man/man1/ea-alc.1.gz |