معرفی شرکت ها
discosnp_2.6.2-2_ppc64el.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
discovering Single Nucleotide Polymorphism from raw set(s) of reads
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Bookworm-12 |
| مخزن | Debian main ppc64el |
| نام بسته | discosnp |
| نام فایل بسته | discosnp_2.6.2-2_ppc64el.deb |
| نسخه بسته | 1:2.6.2 |
| انتشار بسته | 2 |
| معماری بسته | ppc64el |
| نگهدارنده | Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | http://colibread.inria.fr/discosnp/ |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 1458444 |
| حجم نصب | 3122 |
Software discoSnp is designed for discovering Single Nucleotide
Polymorphism (SNP) from raw set(s) of reads obtained with Next Generation
Sequencers (NGS).
.
Note that number of input read sets is not constrained, it can be one, two,
or more. Note also that no other data as reference genome or annotations
are needed.
.
The software is composed by two modules. First module, kissnp2, detects SNPs
from read sets. A second module, kissreads, enhance the kissnp2 results by
computing per read set and for each found SNP:
.
1) its mean read coverage
2) the (phred) quality of reads generating the polymorphism.
.
This program is superseded by DiscoSnp++.
جایگزین ها
| بسته | نسخه | معماری | مخزن |
|---|---|---|---|
| discosnp_2.6.2-2_amd64.deb | 1:2.6.2 | amd64 | Debian main |
| discosnp_2.6.2-2_arm64.deb | 1:2.6.2 | arm64 | Debian main |
| discosnp_2.6.2-2_mips64el.deb | 1:2.6.2 | mips64el | Debian main |
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >= 2.34 | libc6 |
| >= 1.4.2+dfsg | libgatbcore3 |
| >= 3.0 | libgcc-s1 |
| - | libhdf5-103-1 |
| >= 11 | libstdc++6 |
| >= 1:1.2.6 | zlib1g |
| - | python3:any |
| - | python3 |
| - | gatb-core |
نحوه نصب
نصب پکیج deb discosnp:
sudo apt-get install discosnp_2.6.2-2_ppc64el.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/create_coverage_h5_file |
| ./usr/bin/kissnp2 |
| ./usr/bin/kissreads2 |
| ./usr/bin/run_discoSnp++.sh |
| ./usr/bin/run_discoSnp++_ML.sh |
| ./usr/lib/discosnp/bin/quick_hierarchical_clustering |
| ./usr/lib/discosnp/bin/read_file_names |
| ./usr/share/discosnp/discoSnpRAD/COOKBOOK.md |
| ./usr/share/discosnp/discoSnpRAD/README.md |
| ./usr/share/discosnp/discoSnpRAD/clustering_scripts/README.md |
| ./usr/share/discosnp/discoSnpRAD/clustering_scripts/discoRAD_clustering.sh |
| ./usr/share/discosnp/discoSnpRAD/clustering_scripts/fasta_and_cluster_to_filtered_vcf.py |
| ./usr/share/discosnp/discoSnpRAD/clustering_scripts/from_SRC_to_edges.py |
| ./usr/share/discosnp/discoSnpRAD/post-processing_scripts/1SNP_per_cluster.py |
| ./usr/share/discosnp/discoSnpRAD/post-processing_scripts/README.md |
| ./usr/share/discosnp/discoSnpRAD/post-processing_scripts/add_cluster_info_to_mapped_vcf.py |
| ./usr/share/discosnp/discoSnpRAD/post-processing_scripts/filter_by_cluster_size_and_rank.py |
| ./usr/share/discosnp/discoSnpRAD/post-processing_scripts/filter_paralogs.py |
| ./usr/share/discosnp/discoSnpRAD/post-processing_scripts/filter_vcf_by_indiv_cov_max_missing_and_maf.py |
| ./usr/share/discosnp/discoSnpRAD/post-processing_scripts/vcf2structure.sh |
| ./usr/share/discosnp/discoSnpRAD/run_discoSnpRad.sh |
| ./usr/share/discosnp/scripts/ClassVCF_creator.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/VCF_creator.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/clusters_and_fasta_to_fasta.py_DEPRECATED |
| ./usr/share/discosnp/scripts/create_IGV_compatible_VCF.sh |
| ./usr/share/discosnp/scripts/create_filtered_vcf.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/discoSnp++_to_csv.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/filterOnBestDP_multiple_variant_at_same_pos.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/filter_out_using_MAF.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/filter_out_using_ratio_of_covered_files.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/format_phased_for_K2000.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/format_phased_for_clustering.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/format_phased_variants_for_haplotyping.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/from_path_to_edges.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/from_phased_alleles_to_clusters.sh |
| ./usr/share/discosnp/scripts/functionObjectVCF_creator.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/k3000/From phased facts to gfa graph.pdf |
| ./usr/share/discosnp/scripts/k3000/K3000.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/k3000/K3000_common.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/k3000/K3000_enhance_gfa.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/k3000/K3000_fact_haplotypes_to_localized_variant_ids.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/k3000/K3000_facts_to_fa.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/k3000/K3000_facts_to_gfa.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/k3000/K3000_filter_badly_overlapping_variants.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/k3000/K3000_find_unitig_connected_pairs_of_facts.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/k3000/K3000_gfa_post_treatment.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/k3000/K3000_gfa_to_dat.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/k3000/K3000_gfa_to_fa.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/k3000/K3000_msr_to_gfa.py |
| ./usr/share/discosnp/scripts/k3000/K3000_node_ids_to_node_sequences.py |
| ... and 70 more |