معرفی شرکت ها
rsem_1.3.3+dfsg-2+b1_ppc64el.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
RNA-Seq by Expectation-Maximization
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Bookworm-12 |
| مخزن | Debian main ppc64el |
| نام بسته | rsem |
| نام فایل بسته | rsem_1.3.3+dfsg-2+b1_ppc64el.deb |
| نسخه بسته | 1.3.3+dfsg |
| انتشار بسته | 2+b1 |
| معماری بسته | ppc64el |
| نگهدارنده | Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://deweylab.github.io/RSEM/ |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 36139332 |
| حجم نصب | 38115 |
RSEM is a software package for estimating gene and isoform expression
levels from RNA-Seq data. The RSEM package provides an user-friendly
interface, supports threads for parallel computation of the EM
algorithm, single-end and paired-end read data, quality scores,
variable-length reads and RSPD estimation. In addition, it provides
posterior mean and 95% credibility interval estimates for expression
levels. For visualization, It can generate BAM and Wiggle files in both
transcript-coordinate and genomic-coordinate. Genomic-coordinate files
can be visualized by both UCSC Genome browser and Broad Institute’s
Integrative Genomics Viewer (IGV). Transcript-coordinate files can be
visualized by IGV. RSEM also has its own scripts to generate transcript
read depth plots in pdf format. The unique feature of RSEM is, the read
depth plots can be stacked, with read depth contributed to unique reads
shown in black and contributed to multi-reads shown in red. In addition,
models learned from data can also be visualized. Last but not least,
RSEM contains a simulator.
جایگزین ها
| بسته | نسخه | معماری | مخزن |
|---|---|---|---|
| rsem_1.3.3+dfsg-2+b1_amd64.deb | 1.3.3+dfsg | amd64 | Debian main |
| rsem_1.3.3+dfsg-2+b1_arm64.deb | 1.3.3+dfsg | arm64 | Debian main |
| rsem_1.3.3+dfsg-2+b1_mips64el.deb | 1.3.3+dfsg | mips64el | Debian main |
| rsem_1.3.3+dfsg-2_s390x.deb | 1.3.3+dfsg | s390x | Debian main |
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >= 2.34 | libc6 |
| >= 3.4.4 | libgcc-s1 |
| >= 1.10 | libhts3 |
| >= 11 | libstdc++6 |
| - | perl:any |
| - | r-base-core |
| - | bowtie | bowtie2 |
| - | python3 |
نحوه نصب
نصب پکیج deb rsem:
sudo apt-get install rsem_1.3.3+dfsg-2+b1_ppc64el.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/convert-sam-for-rsem |
| ./usr/bin/extract-transcript-to-gene-map-from-trinity |
| ./usr/bin/rsem-bam2readdepth |
| ./usr/bin/rsem-bam2wig |
| ./usr/bin/rsem-build-read-index |
| ./usr/bin/rsem-calculate-credibility-intervals |
| ./usr/bin/rsem-calculate-expression |
| ./usr/bin/rsem-control-fdr |
| ./usr/bin/rsem-extract-reference-transcripts |
| ./usr/bin/rsem-gen-transcript-plots |
| ./usr/bin/rsem-generate-data-matrix |
| ./usr/bin/rsem-generate-ngvector |
| ./usr/bin/rsem-get-unique |
| ./usr/bin/rsem-gff3-to-gtf |
| ./usr/bin/rsem-parse-alignments |
| ./usr/bin/rsem-plot-model |
| ./usr/bin/rsem-plot-transcript-wiggles |
| ./usr/bin/rsem-prepare-reference |
| ./usr/bin/rsem-preref |
| ./usr/bin/rsem-refseq-extract-primary-assembly |
| ./usr/bin/rsem-run-em |
| ./usr/bin/rsem-run-gibbs |
| ./usr/bin/rsem-sam-validator |
| ./usr/bin/rsem-scan-for-paired-end-reads |
| ./usr/bin/rsem-simulate-reads |
| ./usr/bin/rsem-synthesis-reference-transcripts |
| ./usr/bin/rsem-tbam2gbam |
| ./usr/bin/rsem_perl_utils.pm |
| ./usr/share/doc/rsem/README.md.gz |
| ./usr/share/doc/rsem/README.test |
| ./usr/share/doc/rsem/WHAT_IS_NEW.gz |
| ./usr/share/doc/rsem/changelog.Debian.gz |
| ./usr/share/doc/rsem/changelog.Debian.ppc64el.gz |
| ./usr/share/doc/rsem/cnt_file_description.txt |
| ./usr/share/doc/rsem/copyright |
| ./usr/share/doc/rsem/examples/mouse_ref_building_from_transcripts.tar.gz |
| ./usr/share/doc/rsem/model_file_description.txt.gz |
| ./usr/share/doc/rsem/run-unit-test |
| ./usr/share/man/man1/convert-sam-for-rsem.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/rsem-bam2wig.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/rsem-calculate-expression.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/rsem-control-fdr.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/rsem-generate-ngvector.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/rsem-gff3-to-gtf.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/rsem-plot-transcript-wiggles.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/rsem-prepare-reference.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/rsem-run-ebseq.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/rsem-simulate-reads.1.gz |
| ./usr/share/perl5/rsem_perl_utils.pm |