معرفی شرکت ها
tvc_5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5_mipsel.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
genetic variant caller for Ion Torrent sequencing platforms
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Bookworm-12 |
| مخزن | Debian main mipsel |
| نام بسته | tvc |
| نام فایل بسته | tvc_5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5_mipsel.deb |
| نسخه بسته | 5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg |
| انتشار بسته | 5 |
| معماری بسته | mipsel |
| نگهدارنده | Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | http://ioncommunity.thermofisher.com |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 1016852 |
| حجم نصب | 3608 |
Torrent Variant Caller (TVC) is a genetic variant caller for
Ion Torrent sequencing platforms, and is specially optimized to exploit the
underlying flow signal information in the statistical model
to evaluate variants. Torrent Variant Caller is designed to call
single-nucleotide polymorphisms (SNPs), multi-nucleotide polymorphisms (MNPs),
insertions, deletions, and block substitutions.
جایگزین ها
| بسته | نسخه | معماری | مخزن |
|---|---|---|---|
| tvc_5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5_amd64.deb | 5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg | amd64 | Debian main |
| tvc_5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5_arm64.deb | 5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg | arm64 | Debian main |
| tvc_5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5_armel.deb | 5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg | armel | Debian main |
| tvc_5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5_armhf.deb | 5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg | armhf | Debian main |
| tvc_5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5_i386.deb | 5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg | i386 | Debian main |
| tvc_5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5_mips64el.deb | 5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg | mips64el | Debian main |
| tvc_5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5_ppc64el.deb | 5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg | ppc64el | Debian main |
| tvc_5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5_s390x.deb | 5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg | s390x | Debian main |
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >= 1:11.2.3+dfsg | libarmadillo11 |
| >= 2.5.2+dfsg | libbamtools2.5.2 |
| >= 2.34 | libc6 |
| >= 0.0.2 | libdisorder0 |
| >= 3.0 | libgcc-s1 |
| >= 1.9.5 | libjsoncpp25 |
| >= 0.0+git20160702.2610e25 | libsmithwaterman0 |
| >= 11 | libstdc++6 |
| >= 1:1.1.4 | zlib1g |
| - | python3 |
نحوه نصب
نصب پکیج deb tvc:
sudo apt-get install tvc_5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5_mipsel.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/tvc |
| ./usr/bin/tvcassembly |
| ./usr/bin/tvcutils |
| ./usr/bin/variant_caller_pipeline.py |
| ./usr/share/TVC/examples/example1/expected/TSVC_variants.vcf |
| ./usr/share/TVC/examples/example1/expected/small_variants.vcf |
| ./usr/share/TVC/examples/example1/reference.dict |
| ./usr/share/TVC/examples/example1/reference.fasta |
| ./usr/share/TVC/examples/example1/reference.fasta.fai |
| ./usr/share/TVC/examples/example1/test.bam |
| ./usr/share/TVC/examples/example1/test.bam.bai |
| ./usr/share/TVC/examples/example1/test.bed |
| ./usr/share/TVC/examples/example1/test_merged_plain.bed |
| ./usr/share/TVC/examples/example1/test_original.bed |
| ./usr/share/TVC/examples/example1/test_unmerged_detail.bed |
| ./usr/share/TVC/pluginMedia/parameter_sets/ampliseq_germline_lowstringency_pgm_parameters.json |
| ./usr/share/TVC/pluginMedia/parameter_sets/ampliseq_somatic_lowstringency_pgm_parameters.json |
| ./usr/share/TVC/pluginMedia/parameter_sets/ampliseqexome_germline_lowstringency_p1_parameters.json |
| ./usr/share/TVC/pluginMedia/parameter_sets/ampliseqexome_somatic_lowstringency_p1_parameters.json |
| ./usr/share/TVC/pluginMedia/parameter_sets/ocp_somatic_lowstringency_pgm_parameters.json |
| ./usr/share/TVC/pluginMedia/parameter_sets/pgx4_germline_lowstringency_pgm_parameters.json |
| ./usr/share/TVC/pluginMedia/parameter_sets/targetseq_germline_lowstringency_p1_parameters.json |
| ./usr/share/TVC/sse/ampliseqexome_germline_p1_hiq_motifset.txt |
| ./usr/share/TVC/sse/motifset.txt |
| ./usr/share/doc/tvc/README.Debian |
| ./usr/share/doc/tvc/changelog.Debian.gz |
| ./usr/share/doc/tvc/copyright |
| ./usr/share/lintian/overrides/tvc |