معرفی شرکت ها
seer_1.1.4-7_mipsel.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
genomic sequence element (kmer) enrichment analysis
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Bookworm-12 |
| مخزن | Debian main mipsel |
| نام بسته | seer |
| نام فایل بسته | seer_1.1.4-7_mipsel.deb |
| نسخه بسته | 1.1.4 |
| انتشار بسته | 7 |
| معماری بسته | mipsel |
| نگهدارنده | Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/johnlees/seer |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 1139240 |
| حجم نصب | 5154 |
Bacterial genomes vary extensively in terms of both gene content and
gene sequence - this plasticity hampers the use of traditional SNP-based
methods for identifying all genetic associations with phenotypic
variation. SEER provides a computationally scalable and widely
applicable statistical method for the identification of sequence
elements that are significantly enriched in a phenotype of interest.
SEER is applicable to even tens of thousands of genomes by counting variable-
length k-mers using a distributed string-mining algorithm. Robust
options are provided for association analysis that also correct for the
clonal population structure of bacteria. Using large collections of
genomes of the major human pathogen Streptococcus pneumoniae, SEER
identifies relevant previously characterised resistance determinants for
several antibiotics.
جایگزین ها
| بسته | نسخه | معماری | مخزن |
|---|---|---|---|
| seer_1.1.4-7_amd64.deb | 1.1.4 | amd64 | Debian main |
| seer_1.1.4-7_arm64.deb | 1.1.4 | arm64 | Debian main |
| seer_1.1.4-7_armel.deb | 1.1.4 | armel | Debian main |
| seer_1.1.4-7_armhf.deb | 1.1.4 | armhf | Debian main |
| seer_1.1.4-7_i386.deb | 1.1.4 | i386 | Debian main |
| seer_1.1.4-7_mips64el.deb | 1.1.4 | mips64el | Debian main |
| seer_1.1.4-7_ppc64el.deb | 1.1.4 | ppc64el | Debian main |
| seer_1.1.4-7_s390x.deb | 1.1.4 | s390x | Debian main |
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >= 1:11.4.2+dfsg | libarmadillo11 |
| - | libblas3 | libblas.so.3 |
| >= 1.74.0 | libboost-program-options1.74.0 |
| >= 2.34 | libc6 |
| >= 4.2 | libgcc-s1 |
| >= 1.5+dfsg | libgzstream0 |
| - | libhdf5-103-1 |
| >= 12.2.0-9 | libstdc++6 |
| >= 1:1.1.4 | zlib1g |
| - | libtext-csv-perl |
نحوه نصب
نصب پکیج deb seer:
sudo apt-get install seer_1.1.4-7_mipsel.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/R_mds |
| ./usr/bin/blast_top_hits |
| ./usr/bin/blastn_to_phandango |
| ./usr/bin/combineKmers |
| ./usr/bin/filter_seer |
| ./usr/bin/hits_to_fastq |
| ./usr/bin/kmds |
| ./usr/bin/map_back |
| ./usr/bin/mapping_to_phandango |
| ./usr/bin/mash2matrix |
| ./usr/bin/reformat_output |
| ./usr/bin/seer |
| ./usr/share/doc/seer/README.Debian |
| ./usr/share/doc/seer/README.source |
| ./usr/share/doc/seer/README.test |
| ./usr/share/doc/seer/changelog.Debian.gz |
| ./usr/share/doc/seer/copyright |
| ./usr/share/doc/seer/examples/6259_5_16.fa |
| ./usr/share/doc/seer/examples/Makefile |
| ./usr/share/doc/seer/examples/all_structure_new |
| ./usr/share/doc/seer/examples/all_structure_new.samples |
| ./usr/share/doc/seer/examples/assembly_locations.txt |
| ./usr/share/doc/seer/examples/covariates.txt |
| ./usr/share/doc/seer/examples/example.pheno |
| ./usr/share/doc/seer/examples/example_kmers.gz |
| ./usr/share/doc/seer/examples/example_wrapper.py |
| ./usr/share/doc/seer/examples/filter_in.txt |
| ./usr/share/doc/seer/examples/generate_test.pl |
| ./usr/share/doc/seer/examples/map_in.txt |
| ./usr/share/doc/seer/examples/run_test.pl |
| ./usr/share/doc/seer/examples/subset.cont.pheno |
| ./usr/share/doc/seer/examples/subset.pheno |
| ./usr/share/doc/seer/examples/test1.e.txt |
| ./usr/share/doc/seer/examples/test1.o.txt |
| ./usr/share/doc/seer/examples/test2.e.txt |
| ./usr/share/doc/seer/examples/test2.o.txt |
| ./usr/share/doc/seer/examples/test3.e.txt |
| ./usr/share/doc/seer/examples/test3.o.txt |
| ./usr/share/doc/seer/examples/test4.e.txt |
| ./usr/share/doc/seer/examples/test4.o.txt |
| ./usr/share/doc/seer/examples/test5.e.txt |
| ./usr/share/doc/seer/examples/test5.o.txt |
| ./usr/share/doc/seer/examples/test6.e.txt |
| ./usr/share/doc/seer/examples/test6.o.txt |
| ./usr/share/doc/seer/examples/test7.e.txt |
| ./usr/share/doc/seer/examples/test7.o.txt |
| ./usr/share/doc/seer/examples/test8.e.txt |
| ./usr/share/doc/seer/examples/test8.o.txt |
| ./usr/share/doc/seer/examples/tests_passed |
| ./usr/share/doc/seer/run-unit-test |
| ... and 13 more |