معرفی شرکت ها

pigx-rnaseq_0.1.0-1.1_all.deb

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

pipeline for checkpointed and distributed RNA-seq analyses
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Debian Bookworm-12
مخزن Debian main all
نام بسته pigx-rnaseq
نام فایل بسته pigx-rnaseq_0.1.0-1.1_all.deb
نسخه بسته 0.1.0
انتشار بسته 1.1
معماری بسته all
نگهدارنده Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی https://github.com/BIMSBbioinfo/pigx_rnaseq
مجوز -
حجم دانلود 61244
حجم نصب 176
This package provides a automated workflow for the automated analysis of RNA-seq experiments. A series of well-accecpted tools are connected in Python scripts and controlled via snakemake. This supports the parallel execution of these workflows and provides checkpointing, such that interrupted workflows can take up their work again.


نیازمندی

مقدار نام
- fastp
- fastqc
- hisat2 | rna-star
- libjs-jquery-datatables
- libjs-jquery-tablesorter
- megadepth
- multiqc
- python3:any
- python3-deeptools
- python3-htseq
- r-bioc-deseq2
- r-bioc-rtracklayer
- r-bioc-summarizedexperiment
- r-bioc-tximport
- r-cran-corrplot
- r-cran-crosstalk
- r-cran-data.table
>= 0.15+dfsg-2 r-cran-dt
- r-cran-ggplot2
- r-cran-ggpubr
- r-cran-ggrepel
- r-cran-gprofiler2
- r-cran-pheatmap
- r-cran-plotly
- r-cran-reshape2
- r-cran-rjson
- r-cran-rlang
- r-cran-rmarkdown
- r-cran-scales
- salmon
- samtools
- snakemake
- trim-galore


نحوه نصب


نصب پکیج deb pigx-rnaseq:

    sudo apt-get install pigx-rnaseq_0.1.0-1.1_all.deb


فایل ها

مسیرها
./usr/bin/pigx-rnaseq
./usr/libexec/pigx_rnaseq/qsub-template.sh
./usr/libexec/pigx_rnaseq/scripts/collate_read_counts.R
./usr/libexec/pigx_rnaseq/scripts/count_reads.R
./usr/libexec/pigx_rnaseq/scripts/counts_matrix_from_SALMON.R
./usr/libexec/pigx_rnaseq/scripts/deseqReport.Rmd
./usr/libexec/pigx_rnaseq/scripts/norm_counts_deseq.R
./usr/libexec/pigx_rnaseq/scripts/runDeseqReport.R
./usr/libexec/pigx_rnaseq/scripts/translate_sample_sheet_for_report.R
./usr/libexec/pigx_rnaseq/scripts/validate_input.py
./usr/libexec/pigx_rnaseq/scripts/validate_input_annotation.R
./usr/libexec/pigx_rnaseq/snakefile.py
./usr/share/doc/pigx-rnaseq/CONTRIBUTING
./usr/share/doc/pigx-rnaseq/README.md
./usr/share/doc/pigx-rnaseq/changelog.Debian.gz
./usr/share/doc/pigx-rnaseq/copyright
./usr/share/doc/pigx_rnaseq/README.md
./usr/share/man/man1/pigx-rnaseq.1.gz
./usr/share/pigx_rnaseq/Logo_PiGx.png
./usr/share/pigx_rnaseq/pretty.txt
./usr/share/pigx_rnaseq/sample_sheet.csv.example
./usr/share/pigx_rnaseq/settings.yaml