معرفی شرکت ها


bio-rainbow_2.0.4+dfsg-2_i386.deb


Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

clustering and assembling short reads for bioinformatics
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Debian Bookworm-12
مخزن Debian main i386
نام بسته bio-rainbow
نام فایل بسته bio-rainbow_2.0.4+dfsg-2_i386.deb
نسخه بسته 2.0.4+dfsg
انتشار بسته 2
معماری بسته i386
نگهدارنده Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی http://sourceforge.net/projects/bio-rainbow/
مجوز -
حجم دانلود 65472
حجم نصب 203
Efficient tool for clustering and assembling short reads, especially for RAD. . Rainbow is developed to provide an ultra-fast and memory-efficient solution to clustering and assembling short reads produced by RAD-seq. First, Rainbow clusters reads using a spaced seed method. Then, Rainbow implements a heterozygote calling like strategy to divide potential groups into haplotypes in a top-down manner. long a guided tree, it iteratively merges sibling leaves in a bottom-up manner if they are similar enough. Here, the similarity is defined by comparing the 2nd reads of a RAD segment. This approach tries to collapse heterozygote while discriminate repetitive sequences. At last, Rainbow uses a greedy algorithm to locally assemble merged reads into contigs. Rainbow not only outputs the optimal but also suboptimal assembly results. Based on simulation and a real guppy RAD-seq data, it is shown that Rainbow is more competent than the other tools in dealing with RAD-seq data.


جایگزین ها

بسته نسخه معماری مخزن
bio-rainbow_2.0.4+dfsg-2_amd64.deb 2.0.4+dfsg amd64 Debian main
bio-rainbow_2.0.4+dfsg-2_arm64.deb 2.0.4+dfsg arm64 Debian main
bio-rainbow_2.0.4+dfsg-2_armel.deb 2.0.4+dfsg armel Debian main
bio-rainbow_2.0.4+dfsg-2_armhf.deb 2.0.4+dfsg armhf Debian main
bio-rainbow_2.0.4+dfsg-2_mips64el.deb 2.0.4+dfsg mips64el Debian main
bio-rainbow_2.0.4+dfsg-2_mipsel.deb 2.0.4+dfsg mipsel Debian main
bio-rainbow_2.0.4+dfsg-2_ppc64el.deb 2.0.4+dfsg ppc64el Debian main
bio-rainbow_2.0.4+dfsg-2_s390x.deb 2.0.4+dfsg s390x Debian main


نیازمندی

مقدار نام
>= 2.29 libc6
- perl:any


نحوه نصب


نصب پکیج deb bio-rainbow:

    sudo apt-get install bio-rainbow_2.0.4+dfsg-2_i386.deb


فایل ها

مسیرها
./usr/bin/bio-rainbow
./usr/bin/ezmsim
./usr/bin/rbasm
./usr/bin/select_all_rbcontig.pl
./usr/bin/select_best_rbcontig.pl
./usr/bin/select_best_rbcontig_plus_read1.pl
./usr/bin/select_sec_rbcontig.pl
./usr/share/doc/bio-rainbow/README.Debian
./usr/share/doc/bio-rainbow/README.test
./usr/share/doc/bio-rainbow/README.txt.gz
./usr/share/doc/bio-rainbow/changelog.Debian.gz
./usr/share/doc/bio-rainbow/copyright
./usr/share/doc/bio-rainbow/examples/R.1.fastq.gz
./usr/share/doc/bio-rainbow/examples/R.2.fastq.gz
./usr/share/doc/bio-rainbow/run-unit-test
./usr/share/lintian/overrides/bio-rainbow
./usr/share/man/man1/bio-rainbow.1.gz
./usr/share/man/man1/ezmsim.1.gz
./usr/share/man/man1/rbasm.1.gz
./usr/share/man/man1/select_all_rbcontig.pl.1.gz
./usr/share/man/man1/select_best_rbcontig.pl.1.gz
./usr/share/man/man1/select_best_rbcontig_plus_read1.pl.1.gz
./usr/share/man/man1/select_sec_rbcontig.pl.1.gz