معرفی شرکت ها
optimir_1.2-1_all.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Integrating genetic variations in miRNA alignment
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Bookworm-12 |
| مخزن | Debian main all |
| نام بسته | optimir |
| نام فایل بسته | optimir_1.2-1_all.deb |
| نسخه بسته | 1.2 |
| انتشار بسته | 1 |
| معماری بسته | all |
| نگهدارنده | Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/FlorianThibord/OptimiR |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 1027180 |
| حجم نصب | 7403 |
OptimiR is a miRSeq data alignment workflow. It integrates genetic information
to assess the impact of variants on miRNA expression.
.
OptimiR: A bioinformatics pipeline designed to detect and quantify miRNAs,
isomiRs and polymiRs from miRSeq data, & study the impact of genetic
variations on polymiRs' expression.
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | python3-biopython |
| - | python3-pysam |
| - | python3:any |
| - | bowtie2 |
| - | cutadapt |
| - | samtools |
نحوه نصب
نصب پکیج deb optimir:
sudo apt-get install optimir_1.2-1_all.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/optimir |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/OptimiR-1.0.egg-info/PKG-INFO |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/OptimiR-1.0.egg-info/dependency_links.txt |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/OptimiR-1.0.egg-info/entry_points.txt |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/OptimiR-1.0.egg-info/requires.txt |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/OptimiR-1.0.egg-info/top_level.txt |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/optimir/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/optimir/command_line.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/optimir/libs/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/optimir/libs/annotate.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/optimir/libs/consistency.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/optimir/libs/essentials.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/optimir/libs/filter_reads.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/optimir/libs/get_counts.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/optimir/libs/library_preparation.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/optimir/libs/mapping.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/optimir/libs/post_process.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/optimir/libs/pre_process.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/optimir/libs/process.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/optimir/libs/read_collapser.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/optimir/libs/scoring.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/optimir/libs/summarize.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/optimir/resources/coordinates/hsa_miRBase_v21.gff3 |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/optimir/resources/coordinates/hsa_miRBase_v22.gff3 |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/optimir/resources/coordinates/hsa_miRCarta_v1.1.gff3 |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/optimir/resources/coordinates/hsa_miRgeneDB_v2.gff3 |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/optimir/resources/fasta/hsa_hairpins_miRBase_v21.fa |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/optimir/resources/fasta/hsa_hairpins_miRBase_v22.fa |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/optimir/resources/fasta/hsa_hairpins_miRCarta_v1.1.fa |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/optimir/resources/fasta/hsa_hairpins_miRgeneDB_v2.fa |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/optimir/resources/fasta/hsa_matures_miRBase_v21.fa |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/optimir/resources/fasta/hsa_matures_miRBase_v22.fa |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/optimir/resources/fasta/hsa_matures_miRCarta_v1.1.fa |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/optimir/resources/fasta/hsa_matures_miRgeneDB_v2.fa |
| ./usr/share/doc/optimir/README.md.gz |
| ./usr/share/doc/optimir/README.test |
| ./usr/share/doc/optimir/changelog.Debian.gz |
| ./usr/share/doc/optimir/copyright |
| ./usr/share/doc/optimir/examples/Results_example_all/consistency_table.annot |
| ./usr/share/doc/optimir/examples/Results_example_all/isomiRs_dist.annot |
| ./usr/share/doc/optimir/examples/Results_example_all/isomiRs_specific_abundances.txt |
| ./usr/share/doc/optimir/examples/Results_example_all/miRs_and_polymiRs_abundances.txt |
| ./usr/share/doc/optimir/examples/Results_example_all/miRs_merged_abundances.txt |
| ./usr/share/doc/optimir/examples/Results_example_all/polymiRs_specific_abundances.txt |
| ./usr/share/doc/optimir/examples/Results_example_all/polymiRs_table.annot |
| ./usr/share/doc/optimir/examples/S1.fq.gz |
| ./usr/share/doc/optimir/examples/S2.fq.gz |
| ./usr/share/doc/optimir/examples/example_1.sh |
| ./usr/share/doc/optimir/examples/example_all.sh |
| ./usr/share/doc/optimir/examples/genotypes.vcf |
| ./usr/share/doc/optimir/examples/plot_ASE.R |
| ./usr/share/doc/optimir/examples/plot_isoDist.R |
| ./usr/share/doc/optimir/run-unit-test |
| ./usr/share/man/man1/optimir.1.gz |