معرفی شرکت ها
hhsuite_3.3.0+ds-7+b2_armel.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Bookworm-12 |
| مخزن | Debian main armel |
| نام بسته | hhsuite |
| نام فایل بسته | hhsuite_3.3.0+ds-7+b2_armel.deb |
| نسخه بسته | 3.3.0+ds |
| انتشار بسته | 7+b2 |
| معماری بسته | armel |
| نگهدارنده | Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://toolkit.tuebingen.mpg.de/ |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 10369100 |
| حجم نصب | 77258 |
HH-suite is an open-source software package for sensitive protein sequence
searching based on the pairwise alignment of hidden Markov models (HMMs).
.
This package contains HHsearch and HHblits among other programs and utilities.
.
HHsearch takes as input a multiple sequence alignment (MSA) or profile HMM
and searches a database of HMMs (e.g. PDB, Pfam, or InterPro) for homologous
proteins. HHsearch is often used for protein structure prediction to detect
homologous templates and to build highly accurate query-template pairwise
alignments for homology modeling.
.
HHblits can build high-quality MSAs starting from single sequences or from
MSAs. It transforms these into a query HMM and, using an iterative search
strategy, adds significantly similar sequences from the previous search to
the updated query HMM for the next search iteration. Compared to PSI-BLAST,
HHblits is faster, up to twice as sensitive and produces more accurate
alignments.
جایگزین ها
| بسته | نسخه | معماری | مخزن |
|---|---|---|---|
| hhsuite-data_3.3.0+ds-7_all.deb | 3.3.0+ds | all | Debian main |
| hhsuite_3.3.0+ds-7+b2_amd64.deb | 3.3.0+ds | amd64 | Debian main |
| hhsuite_3.3.0+ds-7+b2_arm64.deb | 3.3.0+ds | arm64 | Debian main |
| hhsuite_3.3.0+ds-7+b2_armhf.deb | 3.3.0+ds | armhf | Debian main |
| hhsuite_3.3.0+ds-7+b2_i386.deb | 3.3.0+ds | i386 | Debian main |
| hhsuite_3.3.0+ds-7+b2_mips64el.deb | 3.3.0+ds | mips64el | Debian main |
| hhsuite_3.3.0+ds-7+b2_mipsel.deb | 3.3.0+ds | mipsel | Debian main |
| hhsuite_3.3.0+ds-7+b2_ppc64el.deb | 3.3.0+ds | ppc64el | Debian main |
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >= 2.34 | libc6 |
| >= 3.5 | libgcc-s1 |
| >= 6 | libgomp1 |
| >= 11 | libstdc++6 |
| - | perl:any |
| = 3.3.0+ds-7 | hhsuite-data |
| - | python3 |
نحوه نصب
نصب پکیج deb hhsuite:
sudo apt-get install hhsuite_3.3.0+ds-7+b2_armel.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/a3m_database_extract |
| ./usr/bin/a3m_database_filter |
| ./usr/bin/a3m_database_reduce |
| ./usr/bin/a3m_extract |
| ./usr/bin/a3m_reduce |
| ./usr/bin/ffindex_apply |
| ./usr/bin/ffindex_build |
| ./usr/bin/ffindex_from_fasta |
| ./usr/bin/ffindex_from_fasta_with_split |
| ./usr/bin/ffindex_get |
| ./usr/bin/ffindex_modify |
| ./usr/bin/ffindex_order |
| ./usr/bin/ffindex_reduce |
| ./usr/bin/ffindex_unpack |
| ./usr/bin/hhalign |
| ./usr/bin/hhalign_omp |
| ./usr/bin/hhblits |
| ./usr/bin/hhblits_ca3m |
| ./usr/bin/hhblits_omp |
| ./usr/bin/hhconsensus |
| ./usr/bin/hhfilter |
| ./usr/bin/hhmake |
| ./usr/bin/hhsearch |
| ./usr/bin/hhsearch_omp |
| ./usr/lib/hhsuite/data/do_not_delete |
| ./usr/lib/hhsuite/data/do_not_delete.phr |
| ./usr/lib/hhsuite/data/do_not_delete.pin |
| ./usr/lib/hhsuite/data/do_not_delete.psq |
| ./usr/libexec/hhsuite/bin/cstranslate |
| ./usr/share/doc/hhsuite/README.md.gz |
| ./usr/share/doc/hhsuite/changelog.Debian.armel.gz |
| ./usr/share/doc/hhsuite/changelog.Debian.gz |
| ./usr/share/doc/hhsuite/copyright |
| ./usr/share/doc/hhsuite/examples/query.a3m |
| ./usr/share/doc/hhsuite/examples/query.hhm |
| ./usr/share/doc/hhsuite/examples/query.hhr |
| ./usr/share/doc/hhsuite/examples/query.seq |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/Align.pm |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/HHPaths.pm |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/a3m.py |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/addss.pl |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/check_a3m.py |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/cif2fasta.py |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/create_profile_from_hhm.pl |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/create_profile_from_hmmer.pl |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/ffindex.py |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/get_a3m_size.py |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/hh_reader.py |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/hhmakemodel.pl |
| ./usr/share/hhsuite/scripts/hhmakemodel.py |
| ... and 19 more |