معرفی شرکت ها
atac_0~20150903+r2013-8+b3_armhf.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
genome assembly-to-assembly comparison
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Bookworm-12 |
| مخزن | Debian main armhf |
| نام بسته | atac |
| نام فایل بسته | atac_0~20150903+r2013-8+b3_armhf.deb |
| نسخه بسته | 0~20150903+r2013 |
| انتشار بسته | 8+b3 |
| معماری بسته | armhf |
| نگهدارنده | Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | http://kmer.sourceforge.net |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 346272 |
| حجم نصب | 2763 |
atac computes a one-to-one pairwise alignment of large DNA sequences. It first
finds the unique k-mers in each sequence, chains them to larger blocks, and
fills in spaces between blocks. It was written primarily to transfer
annotations between different assemblies of the human genome.
.
The output is a set of ungapped 'matches', and a set of gapped 'runs' formed
from the matches. Each match or run associates one sequence with the other
sequence. The association is 'unique', in that there is no other (sizeable)
associations for either sequence. Thus, large repeats and duplications are not
present in the output - they appear as unmapped regions.
.
Though the output is always pairwise, atac can cache intermediate results to
speed a comparisons of multiple sequences.
.
This package is part of the Kmer suite.
جایگزین ها
| بسته | نسخه | معماری | مخزن |
|---|---|---|---|
| atac_0~20150903+r2013-8+b3_amd64.deb | 0~20150903+r2013 | amd64 | Debian main |
| atac_0~20150903+r2013-8+b3_arm64.deb | 0~20150903+r2013 | arm64 | Debian main |
| atac_0~20150903+r2013-8+b3_armel.deb | 0~20150903+r2013 | armel | Debian main |
| atac_0~20150903+r2013-8+b3_i386.deb | 0~20150903+r2013 | i386 | Debian main |
| atac_0~20150903+r2013-8+b3_mips64el.deb | 0~20150903+r2013 | mips64el | Debian main |
| atac_0~20150903+r2013-8+b3_mipsel.deb | 0~20150903+r2013 | mipsel | Debian main |
| atac_0~20150903+r2013-8+b3_ppc64el.deb | 0~20150903+r2013 | ppc64el | Debian main |
| atac_0~20150903+r2013-8+b3_s390x.deb | 0~20150903+r2013 | s390x | Debian main |
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >= 2.34 | libc6 |
| >= 3.5 | libgcc-s1 |
| >= 5.2 | libstdc++6 |
| << 3.12 | python3 |
| >= 3.11~ | python3 |
| - | python3.11 |
| - | python3:any |
| - | perl:any |
| - | libfile-which-perl |
| - | leaff |
| - | meryl |
| - | gnuplot |
نحوه نصب
نصب پکیج deb atac:
sudo apt-get install atac_0~20150903+r2013-8+b3_armhf.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/atac |
| ./usr/lib/atac/bin/AtacDriver.py |
| ./usr/lib/atac/bin/cleanAtac |
| ./usr/lib/atac/bin/clumpMaker |
| ./usr/lib/atac/bin/coalesceMatches |
| ./usr/lib/atac/bin/correctGaps |
| ./usr/lib/atac/bin/extractSequence |
| ./usr/lib/atac/bin/extractUnmapped |
| ./usr/lib/atac/bin/gapShifter |
| ./usr/lib/atac/bin/happy-clones-span-clumps |
| ./usr/lib/atac/bin/heavychains |
| ./usr/lib/atac/bin/lengthFilter |
| ./usr/lib/atac/bin/makeplot.pl |
| ./usr/lib/atac/bin/matchExtender |
| ./usr/lib/atac/bin/mismatchCounter |
| ./usr/lib/atac/bin/overlap |
| ./usr/lib/atac/bin/projectFeatures |
| ./usr/lib/atac/bin/seatac |
| ./usr/lib/atac/bin/statsGenerator |
| ./usr/lib/atac/bin/testAtac |
| ./usr/lib/atac/bin/uniqueFilter |
| ./usr/lib/atac/lib/AtacDriver.py |
| ./usr/lib/atac/lib/AtacFile.py |
| ./usr/lib/atac/lib/DNA.py |
| ./usr/lib/atac/lib/IdxStore.py |
| ./usr/lib/atac/lib/MatchRecord.py |
| ./usr/lib/atac/lib/MyFile.py |
| ./usr/lib/atac/lib/PerfectRuns.py |
| ./usr/lib/atac/lib/TrimMatchOverlaps.py |
| ./usr/lib/atac/lib/UniqueFilter.py |
| ./usr/lib/atac/lib/dedashMatches.py |
| ./usr/lib/atac/lib/fillIntraRunGaps.py |
| ./usr/lib/atac/lib/filter-heavychains.so |
| ./usr/lib/atac/lib/filter-nop.so |
| ./usr/lib/atac/lib/halign.so |
| ./usr/lib/atac/lib/localAlignerInterface.so |
| ./usr/lib/atac/lib/mkstats.py |
| ./usr/lib/atac/lib/squeezeIntraRunGaps.py |
| ./usr/share/doc/atac/README.atac |
| ./usr/share/doc/atac/README.test |
| ./usr/share/doc/atac/atac-unit-test |
| ./usr/share/doc/atac/changelog.Debian.armhf.gz |
| ./usr/share/doc/atac/changelog.Debian.gz |
| ./usr/share/doc/atac/copyright |
| ./usr/share/man/man1/atac.1.gz |
| ./usr/share/python3/runtime.d/atac.rtupdate |