معرفی شرکت ها
ragout_2.3-4_armel.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Reference-Assisted Genome Ordering UTility
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Bookworm-12 |
| مخزن | Debian main armel |
| نام بسته | ragout |
| نام فایل بسته | ragout_2.3-4_armel.deb |
| نسخه بسته | 2.3 |
| انتشار بسته | 4 |
| معماری بسته | armel |
| نگهدارنده | Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/fenderglass/Ragout/ |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 2118840 |
| حجم نصب | 9693 |
Ragout (Reference-Assisted Genome Ordering UTility) is a tool for
chromosome-level scaffolding using multiple references. Given initial
assembly fragments (contigs/scaffolds) and one or multiple related
references (complete or draft), it produces a chromosome-scale assembly
(as a set of scaffolds).
.
The approach is based on the analysis of genome rearrangements (like
inversions or chromosomal translocations) between the input genomes and
reconstructing the most parsimonious structure of the target genome.
.
Ragout now supports both small and large genomes (of mammalian scale
and complexity). The assembly of highly polymorphic genomes is
currently limited.
جایگزین ها
| بسته | نسخه | معماری | مخزن |
|---|---|---|---|
| ragout-examples_2.3-4_all.deb | 2.3 | all | Debian main |
| ragout_2.3-4_amd64.deb | 2.3 | amd64 | Debian main |
| ragout_2.3-4_arm64.deb | 2.3 | arm64 | Debian main |
| ragout_2.3-4_armhf.deb | 2.3 | armhf | Debian main |
| ragout_2.3-4_i386.deb | 2.3 | i386 | Debian main |
| ragout_2.3-4_mips64el.deb | 2.3 | mips64el | Debian main |
| ragout_2.3-4_mipsel.deb | 2.3 | mipsel | Debian main |
| ragout_2.3-4_ppc64el.deb | 2.3 | ppc64el | Debian main |
| ragout_2.3-4_s390x.deb | 2.3 | s390x | Debian main |
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >= 2.34 | libc6 |
| >= 3.5 | libgcc-s1 |
| >= 11 | libstdc++6 |
| - | python3:any |
| - | python3-networkx |
نحوه نصب
نصب پکیج deb ragout:
sudo apt-get install ragout_2.3-4_armel.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/ragout |
| ./usr/bin/ragout-maf2synteny |
| ./usr/bin/ragout-overlap |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/__version__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/assembly_graph/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/assembly_graph/assembly_refine.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/breakpoint_graph/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/breakpoint_graph/breakpoint_graph.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/breakpoint_graph/chimera_detector.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/breakpoint_graph/inferer.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/breakpoint_graph/permutation.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/breakpoint_graph/repeat_resolver.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/maf2synteny/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/maf2synteny/maf2synteny.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/main.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/newick/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/newick/lexer.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/newick/parser.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/newick/tokens.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/newick/tree.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/overlap/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/overlap/overlap.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/parsers/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/parsers/fasta_parser.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/parsers/phylogeny_parser.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/parsers/recipe_parser.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/phylogeny/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/phylogeny/inferer.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/phylogeny/phylogeny.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/scaffolder/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/scaffolder/merge_iters.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/scaffolder/output_generator.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/scaffolder/scaffolder.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/shared/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/shared/config.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/shared/datatypes.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/shared/debug.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/shared/utils.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/six.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/synteny_backend/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/synteny_backend/cactus.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/synteny_backend/hal.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/synteny_backend/maf.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/synteny_backend/sibelia.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/synteny_backend/synteny_backend.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/tests/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/tests/data/DH1.fasta |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/tests/data/ecoli.rcp |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/ragout/tests/data/mg1655.coords |
| ... and 12 more |