معرفی شرکت ها

lumpy-sv_0.3.1+dfsg-7_armel.deb

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

general probabilistic framework for structural variant discovery
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Debian Bookworm-12
مخزن Debian main armel
نام بسته lumpy-sv
نام فایل بسته lumpy-sv_0.3.1+dfsg-7_armel.deb
نسخه بسته 0.3.1+dfsg
انتشار بسته 7
معماری بسته armel
نگهدارنده Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی https://github.com/arq5x/lumpy-sv
مجوز -
حجم دانلود 164596
حجم نصب 674
LUMPY, a novel SV discovery framework that naturally integrates multiple SV signals jointly across multiple samples. LUMPY yields improved sensitivity, especially when SV signal is reduced owing to either low coverage data or low intra-sample variant allele frequency.


جایگزین ها

بسته نسخه معماری مخزن
lumpy-sv-examples_0.3.1+dfsg-7_all.deb 0.3.1+dfsg all Debian main
lumpy-sv_0.3.1+dfsg-7_amd64.deb 0.3.1+dfsg amd64 Debian main
lumpy-sv_0.3.1+dfsg-7_arm64.deb 0.3.1+dfsg arm64 Debian main
lumpy-sv_0.3.1+dfsg-7_armhf.deb 0.3.1+dfsg armhf Debian main
lumpy-sv_0.3.1+dfsg-7_i386.deb 0.3.1+dfsg i386 Debian main
lumpy-sv_0.3.1+dfsg-7_mips64el.deb 0.3.1+dfsg mips64el Debian main
lumpy-sv_0.3.1+dfsg-7_mipsel.deb 0.3.1+dfsg mipsel Debian main
lumpy-sv_0.3.1+dfsg-7_ppc64el.deb 0.3.1+dfsg ppc64el Debian main


نیازمندی

مقدار نام
>= 2.5.2+dfsg libbamtools2.5.2
>= 2.34 libc6
>= 3.5 libgcc-s1
>= 1.5+dfsg libgzstream0
>= 1.10 libhts3
>= 11 libstdc++6
- python3:any
- samblaster
- samtools
- python3
- python3-pysam
- python3-numpy
- bamkit


نحوه نصب


نصب پکیج deb lumpy-sv:

    sudo apt-get install lumpy-sv_0.3.1+dfsg-7_armel.deb


فایل ها

مسیرها
./etc/lumpy-sv/lumpyexpress.config
./usr/bin/lumpy
./usr/bin/lumpy_filter
./usr/bin/lumpyexpress
./usr/share/doc/lumpy-sv/README.md.gz
./usr/share/doc/lumpy-sv/changelog.Debian.gz
./usr/share/doc/lumpy-sv/copyright
./usr/share/lumpy-sv/scripts/bedpe_sort.py
./usr/share/lumpy-sv/scripts/check_sorting.py
./usr/share/lumpy-sv/scripts/cnvanator_to_bedpes.py
./usr/share/lumpy-sv/scripts/extract-sites.py
./usr/share/lumpy-sv/scripts/extractSplitReads_BwaMem
./usr/share/lumpy-sv/scripts/get_coverages.py
./usr/share/lumpy-sv/scripts/get_exclude_regions.py
./usr/share/lumpy-sv/scripts/l_bp.py
./usr/share/lumpy-sv/scripts/l_merge.py
./usr/share/lumpy-sv/scripts/l_sort.py
./usr/share/lumpy-sv/scripts/lumpy_smooth
./usr/share/lumpy-sv/scripts/lumpyexpress
./usr/share/lumpy-sv/scripts/pairend_distro.py
./usr/share/lumpy-sv/scripts/par-svtyper.sh
./usr/share/lumpy-sv/scripts/prob_bedpe_to_bedgraph.py
./usr/share/lumpy-sv/scripts/run_histo.sh
./usr/share/lumpy-sv/scripts/split_unmapped_to_fasta.pl
./usr/share/lumpy-sv/scripts/vcfToBedpe
./usr/share/man/man1/lumpy.1.gz
./usr/share/man/man1/lumpy_filter.1.gz
./usr/share/man/man1/lumpyexpress.1.gz
./usr/share/python3/runtime.d/lumpy-sv.rtupdate
./usr/share/lumpy-sv/scripts/lumpyexpress.config -> /etc/lumpy-sv/lumpyexpress.config