معرفی شرکت ها
sim4db_0~20150903+r2013-8+b3_amd64.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
batch spliced alignment of cDNA sequences to a target genome
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Bookworm-12 |
| مخزن | Debian main amd64 |
| نام بسته | sim4db |
| نام فایل بسته | sim4db_0~20150903+r2013-8+b3_amd64.deb |
| نسخه بسته | 0~20150903+r2013 |
| انتشار بسته | 8+b3 |
| معماری بسته | amd64 |
| نگهدارنده | Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | http://kmer.sourceforge.net |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 441288 |
| حجم نصب | 3308 |
Sim4db performs fast batch alignment of large cDNA (EST, mRNA) sequence
sets to a set of eukaryotic genomic regions. It uses the sim4 and sim4cc
algorithms to determine the alignments, but incorporates a fast sequence
indexing and retrieval mechanism, implemented in the sister package
'leaff', to speedily process large volumes of sequences.
.
While sim4db produces alignments in the same way as sim4 or sim4cc, it
has additional features to make it more amenable for use with whole-genome
annotation pipelines. A script file can be used to group pairings between
cDNAs and their corresponding genomic regions, to be aligned as one run
and using the same set of parameters. Sim4db also optionally reports more
than one alignment for the same cDNA within a genomic region, as long
as they meet user-defined criteria such as minimum length, percentage
sequence identity or coverage. This feature is instrumental in finding
all alignments of a gene family at one locus. Lastly, the output is
presented either as custom sim4db alignments or as GFF3 gene features.
.
This package is part of the Kmer suite.
جایگزین ها
| بسته | نسخه | معماری | مخزن |
|---|---|---|---|
| sim4db_0~20150903+r2013-8+b3_arm64.deb | 0~20150903+r2013 | arm64 | Debian main |
| sim4db_0~20150903+r2013-8+b3_armel.deb | 0~20150903+r2013 | armel | Debian main |
| sim4db_0~20150903+r2013-8+b3_armhf.deb | 0~20150903+r2013 | armhf | Debian main |
| sim4db_0~20150903+r2013-8+b3_i386.deb | 0~20150903+r2013 | i386 | Debian main |
| sim4db_0~20150903+r2013-8+b3_mips64el.deb | 0~20150903+r2013 | mips64el | Debian main |
| sim4db_0~20150903+r2013-8+b3_mipsel.deb | 0~20150903+r2013 | mipsel | Debian main |
| sim4db_0~20150903+r2013-8+b3_ppc64el.deb | 0~20150903+r2013 | ppc64el | Debian main |
| sim4db_0~20150903+r2013-8+b3_s390x.deb | 0~20150903+r2013 | s390x | Debian main |
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >= 2.34 | libc6 |
| >= 3.0 | libgcc-s1 |
| >= 5.2 | libstdc++6 |
نحوه نصب
نصب پکیج deb sim4db:
sudo apt-get install sim4db_0~20150903+r2013-8+b3_amd64.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/cleanPolishes |
| ./usr/bin/comparePolishes |
| ./usr/bin/convertPolishes |
| ./usr/bin/convertToAtac |
| ./usr/bin/convertToExtent |
| ./usr/bin/depthOfPolishes |
| ./usr/bin/detectChimera |
| ./usr/bin/filterPolishes |
| ./usr/bin/fixPolishesIID |
| ./usr/bin/headPolishes |
| ./usr/bin/mappedCoverage |
| ./usr/bin/mergePolishes |
| ./usr/bin/parseSNP |
| ./usr/bin/pickBestPolish |
| ./usr/bin/pickUniquePolish |
| ./usr/bin/plotCoverageVsIdentity |
| ./usr/bin/realignPolishes |
| ./usr/bin/removeDuplicate |
| ./usr/bin/reportAlignmentDifferences |
| ./usr/bin/sim4db |
| ./usr/bin/sortPolishes |
| ./usr/bin/summarizePolishes |
| ./usr/bin/uniqPolishes |
| ./usr/bin/vennPolishes |
| ./usr/share/doc/sim4db/README.sim4db.gz |
| ./usr/share/doc/sim4db/README.test |
| ./usr/share/doc/sim4db/changelog.Debian.amd64.gz |
| ./usr/share/doc/sim4db/changelog.Debian.gz |
| ./usr/share/doc/sim4db/copyright |
| ./usr/share/doc/sim4db/sim4db-unit-test |
| ./usr/share/man/man1/cleanPolishes.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/comparePolishes.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/convertPolishes.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/convertToAtac.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/convertToExtent.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/depthOfPolishes.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/detectChimera.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/filterPolishes.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/fixPolishesIID.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/headPolishes.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/mappedCoverage.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/mergePolishes.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/parseSNP.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/pickBestPolish.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/pickUniquePolish.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/plotCoverageVsIdentity.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/realignPolishes.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/removeDuplicate.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/reportAlignmentDifferences.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/sim4db.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/sim4dbutils.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/sortPolishes.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/summarizePolishes.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/uniqPolishes.1.gz |
| ./usr/share/man/man1/vennPolishes.1.gz |