معرفی شرکت ها
parsnp_1.7.4+dfsg-2_armhf.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
rapid core genome multi-alignment
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Bookworm-12 |
| مخزن | Debian main armhf |
| نام بسته | parsnp |
| نام فایل بسته | parsnp_1.7.4+dfsg-2_armhf.deb |
| نسخه بسته | 1.7.4+dfsg |
| انتشار بسته | 2 |
| معماری بسته | armhf |
| نگهدارنده | Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://harvest.readthedocs.org/en/latest/content/parsnp.html |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 175816 |
| حجم نصب | 1855 |
Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of
bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both
draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP)
calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages
contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP
sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for
recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.
جایگزین ها
| بسته | نسخه | معماری | مخزن |
|---|---|---|---|
| parsnp_1.7.4+dfsg-2_amd64.deb | 1.7.4+dfsg | amd64 | Debian main |
| parsnp_1.7.4+dfsg-2_arm64.deb | 1.7.4+dfsg | arm64 | Debian main |
| parsnp_1.7.4+dfsg-2_armel.deb | 1.7.4+dfsg | armel | Debian main |
| parsnp_1.7.4+dfsg-2_i386.deb | 1.7.4+dfsg | i386 | Debian main |
| parsnp_1.7.4+dfsg-2_mips64el.deb | 1.7.4+dfsg | mips64el | Debian main |
| parsnp_1.7.4+dfsg-2_mipsel.deb | 1.7.4+dfsg | mipsel | Debian main |
| parsnp_1.7.4+dfsg-2_ppc64el.deb | 1.7.4+dfsg | ppc64el | Debian main |
| parsnp_1.7.4+dfsg-2_s390x.deb | 1.7.4+dfsg | s390x | Debian main |
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >= 2.34 | libc6 |
| >= 3.5 | libgcc-s1 |
| >= 6 | libgomp1 |
| >= 3.7+4565 | libmuscle1 |
| >= 11 | libstdc++6 |
| - | python3:any |
| - | python3-biopython |
| - | python3-numpy |
| - | fasttree |
| - | harvest-tools |
| - | mummer |
| - | phipack |
| - | python3 |
| - | raxml |
نحوه نصب
نصب پکیج deb parsnp:
sudo apt-get install parsnp_1.7.4+dfsg-2_armhf.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/parsnp |
| ./usr/lib/parsnp/parsnp_core |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/parsnp/extend.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/parsnp/logger.py |
| ./usr/share/doc/parsnp/NEWS.Debian.gz |
| ./usr/share/doc/parsnp/NEWS.gz |
| ./usr/share/doc/parsnp/README.md |
| ./usr/share/doc/parsnp/README.test |
| ./usr/share/doc/parsnp/changelog.Debian.gz |
| ./usr/share/doc/parsnp/copyright |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_12_2013.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_15_2013.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_16_2013.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_17_2013.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_18_2013.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_19_2013.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_1_2013.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_21_2013.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_25_2013.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_2_2013.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_3_2013.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/Al-Hasa_4_2013.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/Bisha_1_2012.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/Buraidah_1_2013.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/EMC_2012.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/England-Qatar_2012.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/England1.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/FRA-UAE.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/Hafr-Al-Batin_1_2013.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/Hafr-Al-Batin_2_2013.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/Hafr-Al_Batin_6_2013.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/Indiana-USA-1_Saudi_Arabia_2014.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/Jeddah_1_2013.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/Jordan-N3_2012.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/KF192507.1.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/KFU-HKU_1.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/KFU-HKU_13.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/KFU-HKU_19Dam.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/KJ477102.1.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/KSA-CAMEL-363.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/KSA-CAMEL-376.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/KSA-CAMEL-378.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/KSA-CAMEL-503.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/KSA-CAMEL-505.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/NC_019843.2.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/Qatar3.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/Qatar4.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/Riyadh_14_2013.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/Riyadh_1_2012.fna |
| ./usr/share/doc/parsnp/examples/mers_virus/genomes/Riyadh_2_2012.fna |
| ... and 12 more |