معرفی شرکت ها

mapsembler2_2.2.4+dfsg1-4_amd64.deb

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

bioinformatics targeted assembly software
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Debian Bookworm-12
مخزن Debian main amd64
نام بسته mapsembler2
نام فایل بسته mapsembler2_2.2.4+dfsg1-4_amd64.deb
نسخه بسته 2.2.4+dfsg1
انتشار بسته 4
معماری بسته amd64
نگهدارنده Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی http://colibread.inria.fr/mapsembler2/
مجوز -
حجم دانلود 724460
حجم نصب 1283
Mapsembler2 is a targeted assembly software. It takes as input a set of NGS raw reads (fasta or fastq, gzipped or not) and a set of input sequences (starters). . It first determines if each starter is read-coherent, e.g. whether reads confirm the presence of each starter in the original sequence. Then for each read-coherent starter, Mapsembler2 outputs its sequence neighborhood as a linear sequence or as a graph, depending on the user choice. . Mapsembler2 may be used for (not limited to): - Validate an assembled sequence (input as starter), e.g. from a de Bruijn graph assembly where read-coherence was not enforced. - Checks if a gene (input as starter) has an homolog in a set of reads - Checks if a known enzyme is present in a metagenomic NGS read set. - Enrich unmappable reads by extending them, possibly making them mappable - Checks what happens at the extremities of a contig - Remove contaminants or symbiont reads from a read set


جایگزین ها

بسته نسخه معماری مخزن
mapsembler2_2.2.4+dfsg1-4_arm64.deb 2.2.4+dfsg1 arm64 Debian main
mapsembler2_2.2.4+dfsg1-4_ppc64el.deb 2.2.4+dfsg1 ppc64el Debian main
mapsembler2_2.2.4+dfsg1-4_s390x.deb 2.2.4+dfsg1 s390x Debian main


نیازمندی

مقدار نام
>= 2.29 libc6
>= 3.0 libgcc-s1
>= 4.9 libgomp1
>= 5.2 libstdc++6
>= 1:1.2.3.4 zlib1g
- bc


نحوه نصب


نصب پکیج deb mapsembler2:

    sudo apt-get install mapsembler2_2.2.4+dfsg1-4_amd64.deb


فایل ها

مسیرها
./usr/bin/mapsembler2_extremities
./usr/bin/mapsembler2_kissreads
./usr/bin/mapsembler2_kissreads_graph
./usr/bin/mapsembler_extend
./usr/bin/run_mapsembler2_pipeline
./usr/share/doc/mapsembler2/EXAMPLE.md
./usr/share/doc/mapsembler2/README.Debian
./usr/share/doc/mapsembler2/README.md.gz
./usr/share/doc/mapsembler2/README.source
./usr/share/doc/mapsembler2/README.test
./usr/share/doc/mapsembler2/README.test_data
./usr/share/doc/mapsembler2/changelog.Debian.gz
./usr/share/doc/mapsembler2/copyright
./usr/share/doc/mapsembler2/examples/README.test_data
./usr/share/doc/mapsembler2/examples/reads1.fa.gz
./usr/share/doc/mapsembler2/examples/reads2.fa.gz
./usr/share/doc/mapsembler2/examples/ref-mapsembler2_extremities.out.fa
./usr/share/doc/mapsembler2/examples/ref-reads1_coherent_k_31_c_5_t_1.fasta
./usr/share/doc/mapsembler2/examples/ref-reads1_uncoherent_k_31_c_5_t_1.fasta
./usr/share/doc/mapsembler2/examples/ref-res_k_31_c_5_t_3_modified_and_covered.json
./usr/share/doc/mapsembler2/examples/ref-res_mapsembler_k_31_c_2_t_1.fasta
./usr/share/doc/mapsembler2/examples/starter.fa
./usr/share/doc/mapsembler2/run-unit-test
./usr/share/man/man1/mapsembler2_extremities.1.gz
./usr/share/man/man1/mapsembler2_kissreads.1.gz
./usr/share/man/man1/mapsembler2_kissreads_graph.1.gz
./usr/share/man/man1/mapsembler_extend.1.gz
./usr/share/man/man1/run_mapsembler2_pipeline.1.gz
./usr/bin/mapsembler2_extend -> mapsembler_extend
./usr/share/man/man1/mapsembler2_extend.1.gz -> mapsembler_extend.1.gz