معرفی شرکت ها
transdecoder-doc_5.0.1-5_all.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
find coding regions within transcripts
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Bookworm-12 |
| مخزن | Debian main all |
| نام بسته | transdecoder-doc |
| نام فایل بسته | transdecoder-doc_5.0.1-5_all.deb |
| نسخه بسته | 5.0.1 |
| انتشار بسته | 5 |
| معماری بسته | all |
| نگهدارنده | Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://transdecoder.github.io/ |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 12311292 |
| حجم نصب | 24953 |
TransDecoder identifies candidate coding regions within transcript sequences,
such as those generated by de novo RNA-Seq transcript assembly using Trinity,
or constructed based on RNA-Seq alignments to the genome using Tophat and
Cufflinks.
.
TransDecoder identifies likely coding sequences based on the following
criteria:
* a minimum length open reading frame (ORF) is found in a transcript sequence
* a log-likelihood score similar to what is computed by the GeneID software
is > 0.
* the above coding score is greatest when the ORF is scored in the 1st
reading frame as compared to scores in the other 5 reading frames.
* if a candidate ORF is found fully encapsulated by the coordinates of
another candidate ORF, the longer one is reported. However, a single
transcript can report multiple ORFs (allowing for operons, chimeras, etc).
* optional the putative peptide has a match to a Pfam domain above the noise
cutoff score.
.
This package contains the documentation and sample data.
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | perl:any |
نحوه نصب
نصب پکیج deb transdecoder-doc:
sudo apt-get install transdecoder-doc_5.0.1-5_all.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/lib/transdecoder/sample_data/Makefile |
| ./usr/lib/transdecoder/sample_data/README.md |
| ./usr/lib/transdecoder/sample_data/cufflinks_example/Makefile |
| ./usr/lib/transdecoder/sample_data/cufflinks_example/blastp.outfmt6.gz |
| ./usr/lib/transdecoder/sample_data/cufflinks_example/cleanme.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/sample_data/cufflinks_example/pfam.domtblout.gz |
| ./usr/lib/transdecoder/sample_data/cufflinks_example/runMe.sh |
| ./usr/lib/transdecoder/sample_data/cufflinks_example/test.genome.fasta.gz |
| ./usr/lib/transdecoder/sample_data/cufflinks_example/test.tophat.sam.gz |
| ./usr/lib/transdecoder/sample_data/cufflinks_example/transcripts.gtf.gz |
| ./usr/lib/transdecoder/sample_data/pasa_example/Makefile |
| ./usr/lib/transdecoder/sample_data/pasa_example/cleanme.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/sample_data/pasa_example/genome.fasta.gz |
| ./usr/lib/transdecoder/sample_data/pasa_example/pasa_assemblies.fasta.gz |
| ./usr/lib/transdecoder/sample_data/pasa_example/pasa_assemblies.gff3.gz |
| ./usr/lib/transdecoder/sample_data/pasa_example/pasa_assemblies_described.txt.gz |
| ./usr/lib/transdecoder/sample_data/pasa_example/runMe.sh |
| ./usr/lib/transdecoder/sample_data/simple_transcriptome_target/Makefile |
| ./usr/lib/transdecoder/sample_data/simple_transcriptome_target/Trinity.fasta.gz |
| ./usr/lib/transdecoder/sample_data/simple_transcriptome_target/cleanme.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/sample_data/simple_transcriptome_target/genome_alignments.gmap.gff3.gz |
| ./usr/lib/transdecoder/sample_data/simple_transcriptome_target/runMe.sh |
| ./usr/lib/transdecoder/sample_data/stringtie_example/Makefile |
| ./usr/lib/transdecoder/sample_data/stringtie_example/cleanme.pl |
| ./usr/lib/transdecoder/sample_data/stringtie_example/runMe.sh |
| ./usr/lib/transdecoder/sample_data/stringtie_example/stringtie_merged.gtf |
| ./usr/lib/transdecoder/sample_data/stringtie_example/stringtie_merged.transcripts.fasta |
| ./usr/share/doc/transdecoder/README |
| ./usr/share/doc/transdecoder/run-tests |
| ./usr/share/doc/transdecoder-doc/changelog.Debian.gz |
| ./usr/share/doc/transdecoder-doc/changelog.gz |
| ./usr/share/doc/transdecoder-doc/copyright |