معرفی شرکت ها
resfinder_4.3.0-1_all.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
identify acquired antimicrobial resistance genes
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Bookworm-12 |
| مخزن | Debian main all |
| نام بسته | resfinder |
| نام فایل بسته | resfinder_4.3.0-1_all.deb |
| نسخه بسته | 4.3.0 |
| انتشار بسته | 1 |
| معماری بسته | all |
| نگهدارنده | Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://bitbucket.org/genomicepidemiology/resfinder |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 66732 |
| حجم نصب | 400 |
ResFinder identifies acquired antimicrobial resistance genes in total or
partial sequenced isolates of bacteria.
.
ResFinder that uses BLAST for identification of acquired antimicrobial
resistance genes in whole-genome data. As input, the method can use both
pre-assembled, complete or partial genomes, and short sequence reads
from four different sequencing platforms. The method was evaluated on
1862 GenBank files containing 1411 different resistance genes, as well
as on 23 de-novo-sequenced isolates.
جایگزین ها
| بسته | نسخه | معماری | مخزن |
|---|---|---|---|
| resfinder-db_0.0+git20220524.fa32d9a-1_all.deb | 0.0+git20220524.fa32d9a | all | Debian main |
| resfinder-example_4.3.0-1_all.deb | 4.3.0 | all | Debian main |
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | python3:any |
| - | resfinder-db |
| - | python3-cgecore |
| - | python3-tabulate |
| - | ncbi-blast+-legacy |
| - | kma |
| - | python3-git |
| - | python3-dateutil |
| - | python3-cgelib |
نحوه نصب
نصب پکیج deb resfinder:
sudo apt-get install resfinder_4.3.0-1_all.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/lib/python3/dist-packages/resfinder/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/resfinder/__main__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/resfinder/amr_abbreviations.md |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/resfinder/cge/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/resfinder/cge/config.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/resfinder/cge/output/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/resfinder/cge/output/exceptions.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/resfinder/cge/output/gene_result.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/resfinder/cge/output/orderedset.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/resfinder/cge/output/phenotype_result.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/resfinder/cge/output/seq_variation_result.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/resfinder/cge/output/std_results.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/resfinder/cge/output/table.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/resfinder/cge/phenotype2genotype/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/resfinder/cge/phenotype2genotype/abclassdef.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/resfinder/cge/phenotype2genotype/dbhit.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/resfinder/cge/phenotype2genotype/feature.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/resfinder/cge/phenotype2genotype/isolate.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/resfinder/cge/phenotype2genotype/phenodbpoint.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/resfinder/cge/phenotype2genotype/phenotype.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/resfinder/cge/phenotype2genotype/res_profile.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/resfinder/cge/phenotype2genotype/res_sumtable.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/resfinder/cge/pointfinder.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/resfinder/cge/resfinder.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/resfinder/cge/runinfo.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/resfinder/environment_variables.md |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/resfinder/species_abbreviations.md |
| ./usr/share/doc/resfinder/README.Debian |
| ./usr/share/doc/resfinder/README.test |
| ./usr/share/doc/resfinder/changelog.Debian.gz |
| ./usr/share/doc/resfinder/changelog.gz |
| ./usr/share/doc/resfinder/copyright |
| ./usr/share/man/man1/run_resfinder.py.1.gz |
| ./usr/share/python3/runtime.d/resfinder.rtupdate |
| ./usr/share/resfinder/run_resfinder.py |
| ./usr/share/resfinder/scripts/env_variables.txt |
| ./usr/share/resfinder/scripts/fparseJSONtoRESULTS.py |
| ./usr/share/resfinder/scripts/get_commits_etc.py |
| ./usr/share/resfinder/scripts/install_resfinder.sh |
| ./usr/share/resfinder/scripts/run_indexes.sh |
| ./usr/share/resfinder/scripts/wdl/README.md |
| ./usr/share/resfinder/scripts/wdl/computerome.conf |
| ./usr/share/resfinder/scripts/wdl/input.json |
| ./usr/share/resfinder/scripts/wdl/resfinder.wdl |
| ./usr/bin/run_resfinder.py -> ../share/resfinder/run_resfinder.py |