معرفی شرکت ها
r-bioc-purecn_2.4.0+dfsg-1_all.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
copy number calling and SNV classification using targeted short read sequencing
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Bookworm-12 |
| مخزن | Debian main all |
| نام بسته | r-bioc-purecn |
| نام فایل بسته | r-bioc-purecn_2.4.0+dfsg-1_all.deb |
| نسخه بسته | 2.4.0+dfsg |
| انتشار بسته | 1 |
| معماری بسته | all |
| نگهدارنده | Debian R Packages Maintainers <r-pkg-team@alioth-lists.debian.net> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://bioconductor.org/packages/PureCN/ |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 6025432 |
| حجم نصب | 6925 |
This package estimates tumor purity, copy number, and loss of
heterozygosity (LOH), and classifies single nucleotide variants (SNVs) by
somatic status and clonality. PureCN is designed for targeted short read
sequencing data, integrates well with standard somatic variant detection
and copy number pipelines, and has support for tumor samples without
matching normal samples.
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >= 4.2.2.20221110-1 | r-base-core |
| - | r-api-4.0 |
| - | r-api-bioc-3.16 |
| - | r-bioc-dnacopy |
| >= 1.14.1 | r-bioc-variantannotation |
| >= 1.20.3 | r-bioc-genomicranges |
| >= 2.2.1 | r-bioc-iranges |
| - | r-cran-rcolorbrewer |
| - | r-bioc-s4vectors |
| - | r-cran-data.table |
| - | r-bioc-summarizedexperiment |
| - | r-bioc-genomeinfodb |
| - | r-bioc-genomicfeatures |
| - | r-bioc-rsamtools |
| - | r-bioc-biobase |
| - | r-bioc-biostrings |
| - | r-bioc-biocgenerics |
| - | r-bioc-rtracklayer |
| - | r-cran-ggplot2 |
| - | r-cran-gridextra |
| - | r-cran-futile.logger |
| - | r-cran-vgam |
| - | r-cran-mclust |
| - | r-bioc-rhdf5 |
| - | r-cran-matrix |
نحوه نصب
نصب پکیج deb r-bioc-purecn:
sudo apt-get install r-bioc-purecn_2.4.0+dfsg-1_all.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/CITATION |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/DESCRIPTION |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/INDEX |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/Meta/Rd.rds |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/Meta/data.rds |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/Meta/features.rds |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/Meta/hsearch.rds |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/Meta/links.rds |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/Meta/nsInfo.rds |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/Meta/package.rds |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/Meta/vignette.rds |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/NAMESPACE |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/NEWS |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/R/PureCN |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/R/PureCN.rdb |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/R/PureCN.rdx |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/data/centromeres.rda |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/data/purecn.DNAcopy.bdry.rda |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/data/purecn.example.output.rda |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/doc/PureCN.R |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/doc/PureCN.pdf |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/doc/Quick.R |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/doc/index.html |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/extdata/BenchmarkTumorOnly.R |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/extdata/Coverage.R |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/extdata/Dx.R |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/extdata/FilterCallableLoci.R |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/extdata/IntervalFile.R |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/extdata/NormalDB.R |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/extdata/PureCN.R |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/extdata/buggy_cnvkit.seg.gz |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/extdata/dist/calculateSbdry.R |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/extdata/dist/downloadCentromeres.R |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/extdata/ex1.bam |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/extdata/ex1.bam.bai |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/extdata/ex1_gcgene.txt |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/extdata/ex1_intervals.txt |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/extdata/ex1_intervals_headered.txt |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/extdata/ex2_intervals.bed |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/extdata/ex2_intervals.txt |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/extdata/ex2_mappability.bed |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/extdata/ex2_mappability.bigWig |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/extdata/ex2_reference.fa |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/extdata/ex2_reference.fa.fai |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/extdata/ex2_reptiming.bed |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/extdata/ex3_intervals.bed |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/extdata/ex3_mappability.bed |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/extdata/ex3_reference.fa |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/extdata/ex3_reference.fa.fai |
| ./usr/lib/R/site-library/PureCN/extdata/example.vcf.gz |
| ... and 50 more |