معرفی شرکت ها

python3-nanoget_1.16.1-2_all.deb

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

extract information from Oxford Nanopore sequencing data and alignments
ویژگی مقدار
سیستم عامل Linux
توزیع Debian Bookworm-12
مخزن Debian main all
نام بسته python3-nanoget
نام فایل بسته python3-nanoget_1.16.1-2_all.deb
نسخه بسته 1.16.1
انتشار بسته 2
معماری بسته all
نگهدارنده Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org>
تاریخ ساخت -
هاست سازنده -
نوع بسته .deb
آدرس صفحه اصلی https://github.com/wdecoster/nanoget
مجوز -
حجم دانلود 11392
حجم نصب 51
The Python3 module nanoget provides functions to extract useful metrics from Oxford Nanopore sequencing reads and alignments. . Data can be presented in the following formats, using the following functions: . * sorted bam file process_bam(bamfile, threads) * standard fastq file process_fastq_plain(fastqfile, 'threads') * fastq file with metadata from MinKNOW or Albacore process_fastq_rich(fastqfile) * sequencing_summary file generated by Albacore process_summary(sequencing_summary.txt, 'readtype') . Fastq files can be compressed using gzip, bzip2 or bgzip. The data is returned as a pandas DataFrame with standardized headernames for convenient extraction. The functions perform logging while being called and extracting data.


جایگزین ها

بسته نسخه معماری مخزن
python3-nanoget-examples_1.16.1-2_all.deb 1.16.1 all Debian main


نیازمندی

مقدار نام
- python3-biopython
- python3-numpy
- python3-pandas
- python3-pysam
- python3:any
- python3-nanomath


نحوه نصب


نصب پکیج deb python3-nanoget:

    sudo apt-get install python3-nanoget_1.16.1-2_all.deb


فایل ها

مسیرها
./usr/lib/python3/dist-packages/nanoget/__init__.py
./usr/lib/python3/dist-packages/nanoget/extraction_functions.py
./usr/lib/python3/dist-packages/nanoget/nanoget.py
./usr/lib/python3/dist-packages/nanoget/utils.py
./usr/lib/python3/dist-packages/nanoget/version.py
./usr/lib/python3/dist-packages/nanoget-1.16.1.egg-info/PKG-INFO
./usr/lib/python3/dist-packages/nanoget-1.16.1.egg-info/dependency_links.txt
./usr/lib/python3/dist-packages/nanoget-1.16.1.egg-info/requires.txt
./usr/lib/python3/dist-packages/nanoget-1.16.1.egg-info/top_level.txt
./usr/share/doc/python3-nanoget/changelog.Debian.gz
./usr/share/doc/python3-nanoget/copyright