معرفی شرکت ها
metaphlan_4.0.4-1_all.deb
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Metagenomic Phylogenetic Analysis
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | Linux |
| توزیع | Debian Bookworm-12 |
| مخزن | Debian main all |
| نام بسته | metaphlan |
| نام فایل بسته | metaphlan_4.0.4-1_all.deb |
| نسخه بسته | 4.0.4 |
| انتشار بسته | 1 |
| معماری بسته | all |
| نگهدارنده | Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org> |
| تاریخ ساخت | - |
| هاست سازنده | - |
| نوع بسته | .deb |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/biobakery/MetaPhlAn |
| مجوز | - |
| حجم دانلود | 2010612 |
| حجم نصب | 6184 |
MetaPhlAn is a computational tool for profiling the composition of
microbial communities (Bacteria, Archaea and Eukaryotes) from
metagenomic shotgun sequencing data (i.e. not 16S) with species-level.
With the newly added StrainPhlAn module, it is now possible to perform
accurate strain-level microbial profiling.
.
MetaPhlAn relies on ~1.1M unique clade-specific marker genes (the latest
marker information file mpa_v31_CHOCOPhlAn_201901_marker_info.txt.bz2
can be found here) identified from ~100,000 reference genomes (~99,500
bacterial and archaeal and ~500 eukaryotic), allowing:
.
* unambiguous taxonomic assignments;
* accurate estimation of organismal relative abundance;
* species-level resolution for bacteria, archaea, eukaryotes and
viruses;
* strain identification and tracking
* orders of magnitude speedups compared to existing methods.
* metagenomic strain-level population genomics
جایگزین ها
| بسته | نسخه | معماری | مخزن |
|---|---|---|---|
| metaphlan2-data_2.6.0+ds-4_all.deb | 2.6.0+ds | all | Debian main |
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | python3-biom-format |
| - | python3-biopython |
| - | python3-dendropy |
| - | python3-numpy |
| - | python3-pandas |
| - | python3-pysam |
| - | python3-requests |
| - | python3-scipy |
| - | python3:any |
| - | metaphlan2-data |
| - | python3-msgpack |
| - | bowtie2 |
نحوه نصب
نصب پکیج deb metaphlan:
sudo apt-get install metaphlan_4.0.4-1_all.deb
فایل ها
| مسیرها |
|---|
| ./usr/bin/add_metadata_tree.py |
| ./usr/bin/extract_markers.py |
| ./usr/bin/merge_metaphlan_tables.py |
| ./usr/bin/metaphlan |
| ./usr/bin/metaphlan2krona.py |
| ./usr/bin/plot_tree_graphlan.py |
| ./usr/bin/read_fastx.py |
| ./usr/bin/run_treeshrink.py |
| ./usr/bin/sample2markers.py |
| ./usr/bin/sgb_to_gtdb_profile.py |
| ./usr/bin/strain_transmission.py |
| ./usr/bin/strainphlan |
| ./usr/bin/treeshrink.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/MetaPhlAn-4.0.4.egg-info/PKG-INFO |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/MetaPhlAn-4.0.4.egg-info/dependency_links.txt |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/MetaPhlAn-4.0.4.egg-info/entry_points.txt |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/MetaPhlAn-4.0.4.egg-info/requires.txt |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/MetaPhlAn-4.0.4.egg-info/top_level.txt |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/metaphlan.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/metaphlan_databases/README.txt |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/strainphlan.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/utils/VallesColomerM_2022_Jan21_thresholds.tsv |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/utils/VallesColomerM_2022_Nov19_thresholds.tsv |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/utils/__init__.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/utils/add_metadata_tree.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/utils/calculate_diversity.R |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/utils/consensus_markers.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/utils/database_controller.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/utils/external_exec.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/utils/extract_markers.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/utils/merge_metaphlan_tables.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/utils/metaphlan2krona.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/utils/mpa_vJan21_CHOCOPhlAnSGB_202103.nwk |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/utils/mpa_vJan21_CHOCOPhlAnSGB_202103_SGB2GTDB.tsv |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/utils/mpa_vJan21_CHOCOPhlAnSGB_202103_size.txt.bz2 |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/utils/parallelisation.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/utils/phylophlan_controller.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/utils/plot_bug.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/utils/plot_tree_graphlan.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/utils/pyphlan.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/utils/read_fastx.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/utils/sample2markers.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/utils/sgb_to_gtdb_profile.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/utils/strain_transmission.py |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/utils/treeshrink/R_scripts/Rfunctions.R |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/utils/treeshrink/R_scripts/find_d.R |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/utils/treeshrink/R_scripts/find_outliers.R |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/utils/treeshrink/R_scripts/find_outliers_IQR.R |
| ./usr/lib/python3/dist-packages/metaphlan/utils/treeshrink/R_scripts/find_outliers_IQR.log.R |
| ... and 68 more |