معرفی شرکت ها
bfio-2.3.0.dev0
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Simple reading and writing classes for tiled tiffs using Bioformats.
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | OS Independent |
| نام فایل | bfio-2.3.0.dev0 |
| نام | bfio |
| نسخه کتابخانه | 2.3.0.dev0 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Nick Schaub |
| ایمیل نویسنده | nick.schaub@nih.gov |
| آدرس صفحه اصلی | - |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/bfio/ |
| مجوز | - |
# **B**io**F**ormats **I**nput/**O**utput utility (bfio 2.3.0)
[](https://bfio.readthedocs.io/en/latest/?badge=latest)
[](https://pypi.org/project/filepattern/)
This tool is a simplified but powerful interface to
[Bioformats](https://www.openmicroscopy.org/bio-formats/)
using jpype for direct access to the library. This tool is designed with
scalable image analysis in mind, with a simple interface to treat any image
like a memory mapped array.
Docker containers with all necessary components are available (see
**Docker Containers** section).
## Summary
- [Installation](#installation)
- [Docker](#docker)
- [Documentation](#documentation)
- [Contributing](#contributing)
- [Versioning](#versioning)
- [Authors](#authors)
- [License](#license)
- [Acknowledgments](#acknowledgments)
## Installation
### Setting up Java
**Note:** `bfio` can be used without Java, but only the `python` and `zarr`
backends will be useable. Only files in tiled OME Tiff or OME Zarr format can be
read/written.
In order to use the `Java` backend, it is necessary to first install the JDK.
The `bfio` package is generally tested with
[JDK 8](https://docs.oracle.com/javase/8/docs/technotes/guides/install/install_overview.html),
but JDK 11 and later also appear to work.
### Installing bfio
The `bfio` package and the core dependencies (numpy, tifffile, imagecodecs) can
be installed using pip:
`pip install bfio`
Additionally, `bfio` with other dependencies can be installed:
1. `pip install bfio[bioformats]` - Adds support for BioFormats/Java. See [License](#license) for additional information.
2. `pip install bfio[zarr]` - Adds support for OME Zarr
3. `pip install bfio[all]` - Installs all dependencies.
## Docker
### labshare/polus-bfio-util:2.3.0
Ubuntu based container with bfio and all dependencies (including Java).
### labshare/polus-bfio-util:2.3.0-imagej
Same as above, except comes with ImageJ and PyImageJ.
### labshare/polus-bfio-util:2.3.0-tensorflow
Tensorflow container with bfio isntalled.
## Documentation
Documentation and examples are available on
[Read the Docs](https://bfio.readthedocs.io/en/latest/).
## Versioning
We use [SemVer](http://semver.org/) for versioning. For the versions
available, see the [tags on this
repository](https://github.com/PurpleBooth/a-good-readme-template/tags).
## Authors
Nick Schaub (nick.schaub@nih.gov, nick.schaub@labshare.org)
## License
This project is licensed under the [MIT License](LICENSE)
Creative Commons License - see the [LICENSE](LICENSE) file for details.
**NOTE**
Bioformats is licensed under GPL, and as a consequence so is the `bioformats_jar`
package. These packages and libraries are installed when using the `bfio[bioformats]` option.
## Acknowledgments
- Parts of this code were written/modified from existing code found in
`tifffile`.
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=2021.8.30 | tifffile |
| >=2021.2.26 | imagecodecs |
| >=1.20.1 | numpy |
| >=0.2.10 | ome-types |
| - | lxml |
| >=2.6.1 | zarr |
| ==6.7.0.post2 | bioformats-jar |
| ==6.7.0.post2 | bioformats-jar |
| >=2.6.1 | zarr |
| >=2.26.0 | requests |
| ==6.7.0.post2 | bioformats-jar |
| >=2.6.1 | zarr |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.6 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl bfio-2.3.0.dev0:
pip install bfio-2.3.0.dev0.whl
نصب پکیج tar.gz bfio-2.3.0.dev0:
pip install bfio-2.3.0.dev0.tar.gz