معرفی شرکت ها

Mikado-2.3.4

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
2.3.4
2.3.3
2.3.2
2.3.1

توضیحات

A Python3 annotation program to select the best gene model in each locus
ویژگی مقدار
سیستم عامل POSIX :: Linux
نام فایل Mikado-2.3.4
نام Mikado
نسخه کتابخانه 2.3.4
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Luca Venturini
ایمیل نویسنده lucventurini@gmail.com
آدرس صفحه اصلی https://github.com/EI-CoreBioinformatics/mikado
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/Mikado/
مجوز LGPL3
Mikado is a lightweight Python3 pipeline whose purpose is to facilitate the identification of expressed loci from RNA-Seq data * and to select the best models in each locus. The logic of the pipeline is as follows: 1. In a first step, the annotation (provided in GTF/GFF3 format) is parsed to locate *superloci* of overlapping features on the **same strand**. 2. The superloci are divided into different *subloci*, each of which is defined as follows: * For multiexonic transcripts, to belong to the same sublocus they must share at least a splicing junction (i.e. an intron) * For monoexonic transcripts, they must overlap for at least one base pair * All subloci must contain either only multiexonic or only monoexonic transcripts 3. In each sublocus, the pipeline selects the best transcript according to a user-defined prioritization scheme. 4. The resulting *monosubloci* are merged together, if applicable, into *monosubloci_holders* 5. The best non-overlapping transcripts are selected, in order to define the *loci* contained inside the superlocus. * At this stage, monoexonic and multiexonic transcript are checked for overlaps * Moreover, two multiexonic transcripts are considered to belong to the same locus if they share a splice *site* (not junction) 6. Once the loci have been defined, the program backtracks and looks for transcripts which can be assigned unambiguously to a single locus and constitute valid alternative splicing isoforms of the main transcripts. The criteria used to select the "*best*" transcript are left to the user's discretion, using specific configuration files.


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>3.6 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl Mikado-2.3.4:

    pip install Mikado-2.3.4.whl


نصب پکیج tar.gz Mikado-2.3.4:

    pip install Mikado-2.3.4.tar.gz