معرفی شرکت ها
ftarc-0.2.4
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
FASTQ-to-analysis-ready-CRAM Workflow Executor for Human Genome Sequencing
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | ftarc-0.2.4 |
| نام | ftarc |
| نسخه کتابخانه | 0.2.4 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Daichi Narushima |
| ایمیل نویسنده | dnarsil+github@gmail.com |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/dceoy/ftarc |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/ftarc/ |
| مجوز | - |
ftarc
=====
FASTQ-to-analysis-ready-CRAM Workflow Executor for Human Genome Sequencing
[](https://github.com/dceoy/ftarc/actions/workflows/test.yml)
[](https://github.com/dceoy/ftarc/actions/workflows/python-publish.yml)
[](https://github.com/dceoy/ftarc/actions/workflows/docker-publish.yml)
Installation
------------
```sh
$ pip install -U ftarc
```
Dependent commands:
- `pigz`
- `pbzip2`
- `bgzip`
- `tabix`
- `samtools` (and `plot-bamstats`)
- `gnuplot`
- `java`
- `gatk`
- `cutadapt`
- `fastqc`
- `trim_galore`
- `bwa` or `bwa-mem2`
Docker image
------------
Pull the image from [Docker Hub](https://hub.docker.com/r/dceoy/ftarc/).
```sh
$ docker image pull dceoy/ftarc
```
Usage
-----
#### Create analysis-ready CRAM files from FASTQ files
| input files | output files |
|:-----------------------------:|:-------------------:|
| read1/read2 FASTQ (Illumina) | analysis-ready CRAM |
1. Download hg38 resource data.
```sh
$ ftarc download --dest-dir=/path/to/download/dir
```
2. Write input file paths and configurations into `ftarc.yml`.
```sh
$ ftarc init
$ vi ftarc.yml # => edit
```
Example of `ftarc.yml`:
```yaml
---
reference_name: hs38DH
adapter_removal: true
metrics_collectors:
fastqc: true
picard: true
samtools: true
resources:
reference_fa: /path/to/GRCh38_full_analysis_set_plus_decoy_hla.fa
known_sites_vcf:
- /path/to/Homo_sapiens_assembly38.dbsnp138.vcf.gz
- /path/to/Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg38.vcf.gz
- /path/to/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz
runs:
- fq:
- /path/to/sample01.WGS.R1.fq.gz
- /path/to/sample01.WGS.R2.fq.gz
- fq:
- /path/to/sample02.WGS.R1.fq.gz
- /path/to/sample02.WGS.R2.fq.gz
- fq:
- /path/to/sample03.WGS.R1.fq.gz
- /path/to/sample03.WGS.R2.fq.gz
read_group:
ID: FLOWCELL-1
PU: UNIT-1
SM: sample03
PL: ILLUMINA
LB: LIBRARY-1
```
3. Create analysis-ready CRAM files from FASTQ files
```sh
$ ftarc pipeline --yml=ftarc.yml --workers=2
```
Standard workflow:
1. Trim adapters
- `trim_galore`
2. Map reads to a human reference genome
- `bwa mem` (or `bwa-mem2 mem`)
3. Mark duplicates
- `gatk MarkDuplicates`
- `gatk SetNmMdAndUqTags`
4. Apply BQSR (Base Quality Score Recalibration)
- `gatk BaseRecalibrator`
- `gatk ApplyBQSR`
5. Remove duplicates
- `samtools view`
6. Validate output CRAM files
- `gatk ValidateSamFile`
7. Collect QC metrics
- `fastqc`
- `samtools`
- `gatk`
#### Preprocessing and QC-check
- Validate BAM or CRAM files using Picard
```sh
$ ftarc validate /path/to/genome.fa /path/to/aligned.cram
```
- Collect metrics from FASTQ files using FastQC
```sh
$ ftarc fastqc read1.fq.gz read2.fq.gz
```
- Collect metrics from FASTQ files using FastQC
```sh
$ ftarc samqc /path/to/genome.fa /path/to/aligned.cram
```
- Apply BQSR to BAM or CRAM files using GATK
```sh
$ ftarc bqsr \
--known-sites-vcf=/path/to/Homo_sapiens_assembly38.dbsnp138.vcf.gz \
--known-sites-vcf=/path/to/Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg38.vcf.gz \
--known-sites-vcf=/path/to/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz \
/path/to/genome.fa /path/to/markdup.cram
```
- Remove duplicates in marked BAM or CRAM files
```sh
$ ftarc dedup /path/to/genome.fa /path/to/markdup.cram
```
Run `ftarc --help` for more information.
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | docopt |
| - | jinja2 |
| - | luigi |
| - | pip |
| - | psutil |
| - | pyyaml |
| - | shoper |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.6 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl ftarc-0.2.4:
pip install ftarc-0.2.4.whl
نصب پکیج tar.gz ftarc-0.2.4:
pip install ftarc-0.2.4.tar.gz