معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Generate DNA sequences with specified amino acid, codon, and k-mer frequencies.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	freqgen-0.1.0
نام	freqgen
نسخه کتابخانه	0.1.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Benjamin Lee
ایمیل نویسنده	benjamindlee@me.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/Lab41/freqgen
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/freqgen/
مجوز	MIT

# Freqgen <p align ="center"> <img src='https://raw.githubusercontent.com/Lab41/freqgen/master/logo/Freqgen2-01_icon_only.png' height="150"> </p> [![Build Status](https://travis-ci.org/Lab41/freqgen.svg?branch=master)](https://travis-ci.org/Lab41/freqgen) [![Documentation Status](https://readthedocs.org/projects/freqgen/badge/?version=latest)](https://freqgen.readthedocs.io/en/latest/?badge=latest) [![CodeFactor](https://www.codefactor.io/repository/github/lab41/freqgen/badge)](https://www.codefactor.io/repository/github/lab41/freqgen) Freqgen is a tool to generate coding DNA sequences with specified amino acid usage frequencies or sequence, GC content, codon usage bias, and/or *k*-mer usage bias. To accomplish this, Freqgen uses genetic algorithms to efficiently search the solution space of possible DNA sequences to find ones that most closely match the desired parameters. ## Features - CLI and Python API - Can simultaneously match multiple DNA statistics - Built-in visualization utility - Supports several fitness metrics (and you can bring your own!) ## Installation Simply run: $ pip install freqgen Or, to get the latest (but not necessarily stable) development version: $ pip install git+https://github.com/Lab41/freqgen.git ## Five-second CLI tutorial The basic flow of Freqgen can be summarized in three steps: 1. Generate a new amino acid sequence based on the amino acid usage profile of reference sequences. If you already have a specific amino acid sequence in mind (*i.e.* for synthetic biology uses), skip this step: $ freqgen aa reference_sequences.fna -o new_sequence.faa -l LENGTH 2. Create a YAML file containing *k*-mer frequencies for the amino acid sequence's DNA to have: $ freqgen featurize reference_sequences.fna -k INT -o reference_freqs.yaml 3. Generate the DNA sequence coding for the amino acid sequence: $ freqgen -t reference_freqs.yaml -s new_sequence.faa -v -o optimized.fna 4. Visualize the results of the optimization (*optional*): $ freqgen visualize --target reference_freqs.yaml --optimized optimized.fna ## Documentation Read the full docs over at [freqgen.readthedocs.io](http://freqgen.readthedocs.io). ## Citation To be determined!

نیازمندی

مقدار	نام
-	numpy
<=6.7	click
-	biopython
-	pyyaml
-	click-default-group
-	dit
-	bokeh
-	colorama

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.5.0	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl freqgen-0.1.0:

pip install freqgen-0.1.0.whl

نصب پکیج tar.gz freqgen-0.1.0:

pip install freqgen-0.1.0.tar.gz