معرفی شرکت ها
freesurfer-pp-2.0.8
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
A simple/dummy app that simulates a FreeSurfer run
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | freesurfer-pp-2.0.8 |
| نام | freesurfer-pp |
| نسخه کتابخانه | 2.0.8 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Rudolph Pienaar |
| ایمیل نویسنده | rudolph.pienaar@gmail.com |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/FNNDSC/pl-freesurfer_pp |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/freesurfer-pp/ |
| مجوز | MIT |
pl-freesurfer_pp
================
.. image:: https://badge.fury.io/py/freesurfer_pp.svg
:target: https://badge.fury.io/py/freesurfer_pp
.. image:: https://travis-ci.org/FNNDSC/freesurfer_pp.svg?branch=master
:target: https://travis-ci.org/FNNDSC/freesurfer_pp
.. image:: https://img.shields.io/badge/python-3.5%2B-blue.svg
:target: https://badge.fury.io/py/pl-freesurfer_pp
.. contents:: Table of Contents
Abstract
--------
``freesurfer_pp.py`` is a *dummy* FreeSurfer plugin / container that is prepopulated with the results of several *a priori* FreeSurfer runs. For a given run, this script will simply copy elements of one of these prior runs to the output directory.
Synopsis
--------
.. code::
python freesurfer_pp.py \
[-v <level>] [--verbosity <level>] \
[--version] \
[--man] \
[--meta] \
[--copySpec <copySpec>] \
[--ageSpec <ageSpec>] \
<inputDir> \
<outputDir>
Run
----
This ``plugin`` can be run in two modes: natively as a python package or as a containerized docker image. The PyPI mode is largely included for completeness sake and only useful if run against some pre-processed tree that exists in the filesystem.
Using PyPI
~~~~~~~~~~
*You probably do not want to run the PyPI version unless you are a developer! Mostly likely you want the docker containerized run -- see the next section.*
To run from PyPI, simply do a
.. code:: bash
pip install freesurfer_pp
and run with
.. code:: bash
freesurfer.py --man /tmp /tmp
Using ``docker run``
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
The real utility of this package is to run it containerized against bundled data that is packed into the container.
Assign an "input" directory to ``/incoming`` and an "output" directory to ``/outgoing``. Note that the "input" directory is effectively ignored by this plugin, but is required. Make sure that the host ``$(pwd)/out`` directory is world writable!
In the simplest sense, the plugin can be run with
.. code:: bash
mkdir in out && chmod 777 out
docker run --rm -v $(pwd)/in:/incoming -v $(pwd)/out:/outgoing \
fnndsc/pl-freesurfer_pp freesurfer_pp.py \
/incoming /outgoing
which will copy **only** the internal `stats` directory from a ``10-yr/06-mo/01-da`` subject to the output. By specifying a ``--copySpec stats,3D,sag,cor,tra`` several additional directories containing png image frames through parcellated sagittal, coronal, and transverse (axial) planes as well as multiple 3D images are also copied.
Examples
--------
Check available pre-processed runs
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
To get a listing of the internal tree of already processed and available FreeSurfer choices:
.. code:: bash
docker run --rm -v $(pwd)/in:/incoming -v $(pwd)/out:/outgoing \
fnndsc/pl-freesurfer_pp freesurfer_pp.py \
-T ../preprocessed \
/incoming /outgoing
This will print a tree of the available choices of `preprocessed` data in a directory tree.
Copy the default for a selected pre-processed run
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
Select one run, say the `08-yr/07-mo/16-da` and specify that to copy:
.. code:: bash
docker run --rm -v $(pwd)/in:/incoming -v $(pwd)/out:/outgoing \
fnndsc/pl-freesurfer_pp freesurfer_pp.py \
-a 08-07-16 \
/incoming /outgoing
Simulate a processing delay
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
To simulate a processing delay, specify some time in seconds:
.. code:: bash
docker run --rm -v $(pwd)/in:/incoming -v $(pwd)/out:/outgoing \
fnndsc/pl-freesurfer_pp freesurfer_pp.py \
-a 08-07-16 \
-P 20 \
/incoming /outgoing
Explicitly copy all the data including images from a pre-processed run
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
To copy all the image directories from the ``10-yr/06-mo/01-da`` subject,
.. code:: bash
docker run --rm -v $(pwd)/in:/incoming -v $(pwd)/out:/outgoing \
fnndsc/pl-freesurfer_pp freesurfer_pp.py \
-a 10-06-01 \
-c stats,sag,cor,tra,3D \
/incoming /outgoing
نحوه نصب
نصب پکیج whl freesurfer-pp-2.0.8:
pip install freesurfer-pp-2.0.8.whl
نصب پکیج tar.gz freesurfer-pp-2.0.8:
pip install freesurfer-pp-2.0.8.tar.gz