معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Clustering method based on Forest Fire Dynamics

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	forest-fire-clustering-0.0.9
نام	forest-fire-clustering
نسخه کتابخانه	0.0.9
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Flynn Chen
ایمیل نویسنده	flynn.chen@yale.edu
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/flynn-chen/forest-fire-clustering
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/forest-fire-clustering/
مجوز	-

# forest-fire-clustering Clustering Method Inspired by Forest Fire Dynamics ## Description Forest Fire Clustering is an efficient and interpretable clustering method for discovering and validating cell types in single-cell sequencing analysis. Different than the existing methods, our clustering algorithm makes minimal prior assumptions about the data and provides point-wise posterior probabilities for internal validation. Additionally, it computes point-wise label entropies that can highlight novel transition cell types de novo along developmental pseudo-time manifolds. Lastly, our inductive algorithm is able to make robust inferences in an online-learning context. ![Algorithm Overview](figures/figure1.png) ## Getting Started ### Dependencies * python >= 3.6 * numpy * scipy * scikit-learn * numba ### Installing Estimated time: 2 mins ``` pip install forest-fire-clustering ``` ### Executing program "X" is a [sample x feature] matrix To generate clustering: ``` from forest_fire_clustering.forest_fire_clustering import FFC cluster_obj = FFC() cluster_obj.preprocess(X) cluster_obj.fit(fire_temp=100) cluster_obj.cluster_labels ``` To validate the results: ``` cluster_obj.validate() cluster_obj.entropy() cluster_obj.pval() cluster_obj.entropy_list # list of entropies of the data point cluster_obj.pval_list # list of posterior significance values ``` ## Authors Zhanlin Chen, Jeremy Goldwasser, Philip Tuckman, Jing Zhang, Mark Gerstein

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl forest-fire-clustering-0.0.9:

pip install forest-fire-clustering-0.0.9.whl

نصب پکیج tar.gz forest-fire-clustering-0.0.9:

pip install forest-fire-clustering-0.0.9.tar.gz