معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Genomic footprint detection

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	footprint-tools-1.3.7
نام	footprint-tools
نسخه کتابخانه	1.3.7
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Jeff Vierstra
ایمیل نویسنده	jvierstra@altius.org
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/jvierstra/footprint-tools
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/footprint-tools/
مجوز	GPL-3.0-or-later

# footprint-tools: *de novo* genomic footprint detection footprint-tools is a python module for *de novo* detection of genomic footprints from DNase I data by simulating expected cleavage rates using a 6-mer DNase I cleavage preference model combined with density smoothing. Statistical significance of per-nucleotide cleavages are computed from a series emperically fit negative binomial distribution. ## Requirements ``footprint-tools`` requires Python 3.6+ We also recommend these non-Python analysis tools: * [samtools](http://www.htslib.org/) * [BEDOPS](http://bedops.readthedocs.io) * [kentUtils](https://github.com/ucscGenomeBrowser/kent/tree/master/src/utils) ## Installation To install the latest release, type: ``` pip install footprint-tools ``` If you run into errors, try installing footprint-tools in a conda environment (using the YAML file provided): ``` # Clone repository git clone https://github.com/jvierstra/footprint-tools.git # Create conda enviroment from config YAML file cd footprint-tools conda env create -f conda-env.yml # Activate conda environment conda activate footprint-tools # Run commands ftd --version ftd {commands} ``` ## Documentation & usage User manual, API and examples can be found [here](http://footprint-tools.readthedocs.io) ## Citation [Vierstra2020](https://doi.org/10.1038/s41586-020-2528-x) Vierstra, J., Lazar, J., Sandstrom, R. *et al.* Global reference mapping of human transcription factor footprints. *Nature* **583**, 729–736 (2020)

نحوه نصب

نصب پکیج whl footprint-tools-1.3.7:

pip install footprint-tools-1.3.7.whl

نصب پکیج tar.gz footprint-tools-1.3.7:

pip install footprint-tools-1.3.7.tar.gz