معرفی شرکت ها
flutile-1.0.1
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
sequence analysis tools for flu research
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | flutile-1.0.1 |
| نام | flutile |
| نسخه کتابخانه | 1.0.1 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Zebulun Arendsee |
| ایمیل نویسنده | zebulun.arendsee@usda.gov |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/flu-crew/flutile |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/flutile/ |
| مجوز | - |
# flutile
## Installation
``` sh
pip install flutile
```
## Commands
### `aadiff`
`aadiff` takes a multiple-sequence alignment as an input and creates a
character difference table. This command is designed for preparing amino acid
difference tables. Below is an example of a comparison of 4 H1 sequences.
`flutile aadiff --subtype=H1 mufile.faa`
| site | A02479030 | SD0246 | SD0272 | SD0136 |
| ---- | --------- | ------ | -------| ------ |
| -3 | A | | T | |
| -2 | N | | S | |
| -1 | A | T | | |
| 1 | D | | | |
| 154 | K | | | |
| 154+1 | - | | | X |
| 154+2 | - | | | X |
| 155 | D | S | | X |
| 156 | D | G | N | X |
The `--subtype=H1` argument tells `flutile` to align the inputs against an H1
reference (A/United Kingdom/1/1933). The reference is used to determine
relative indices (the `sites` column). The index reference is used only for
indexing and does not appear in the final table. The first three rows (sites
-3, -2, -1) align to the three residues at the end of the signal peptide. Site
1 is the first residue in the mature peptide. Any gaps in the reference
alignment are indexed as `<ref_id>+<offset>`, for example 154+1 and 154+2 are
positions 1 and 2 residues after the reference position 154.
`flutile` uses the references from (Burke 2014):
--- | ------------------------------------------------- | ------------------- | ---------------------- |
H1 | A/United Kingdom/1/1933 | MKARLLVLLCALAATDA | DTICIGYHANNS |
H2 | A/Singapore/1/1957 | MAIIYLILLFTAVRG | DQICIGYHANNS |
H3 | A/Aichi/2/1968 | MKTIIALSYIFCLPLG | QDLPGNDNSTATLCLGHHAVPN |
H4 | A/swine/Ontario/01911–2/1999 | MLSIAILFLLIAEGSS | QNYTGNPVICLGHHAVSN |
H5 | A/Vietnam/1203/2004 | MEKIVLLFAIVSLVKS | DQICIGYHANNS |
H6 | A/chicken/Taiwan/0705/1999 | MIAIIVIATLAAAGKS | DKICIGYHANNS |
H7 | A/Netherlands/219/2003 | MNTQILVFALVASIPTNA | DKICLGHHAVSN |
H8 | A/turkey/Ontario/6118/1968 | MEKFIAIAMLLASTNA | YDRICIGYQSNNS |
H9 | A/swine/Hong Kong/9/1998 | MEAASLITILLVVTASNA | DKICIGYQSTNS |
H10 | A/mallard/bavaria/3/2006 | MYKIVVIIALLGAVKG | LDKICLGHHAVAN |
H11 | A/duck/England/1/1956 | MEKTLLFAAIFLCVKA | DEICIGYLSNNS |
H12 | A/duck/Alberta/60/1976 | MEKFIILSTVLAASFA | YDKICIGYQTNNS |
H13 | A/gull/Maryland/704/1977 | MALNVIATLTLISVCVHA | DRICVGYLSTNS |
H14 | A/mallard/Astrakhan/263/1982 | MIALILVALALSHTAYS | QITNGTTGNPIICLGHHAVEN |
H15 | A/duck/Australia/341/1983 | MNTQIIVILVLGLSMVRS | DKICLGHHAVAN |
H16 | A/black-headed-gull/Turkmenistan/13/1976 | MMIKVLYFLIIVLGRYSKA | DKICIGYLSNNS |
H17 | A/little-yellow-shouldered bat/Guatemala/060/2010 | MELIILLILLNPYTFVLG | DRICIGYQANQN |
H18 | A/flat-faced bat/Peru/033/2010 | MITILILVLPIVVG | DQICIGYHSNNS |
* The H3 signal peptide appears to actually be `MKTIIALSYIFCLALG`
### `represent`
`represent` takes a multiple-sequence alignment as input and removes entries
that are similar in sequence and time. The function requires that headers have
a date term (with format year/month/day). For example:
```
>A|1990-01-02
GATACA
>B|1990-02-02
CATATA
```
There may be gaps in the alignment. Sequences in the alignment that are
separated by less than or equal to `--max-day-sep` and that are a sequence
identity of greather than or equal to `--min-pident-sep` will be clustered
together. A single representative is sampled from each cluster (the latest one
with ties resolved by order).
### `trim`
Extract the HA1 regions from (currently) H1 and H3 HA proteins.
### References
1. Burke, Smith (2014) *A Recommended Numbering Scheme for Influenza A HA Subtypes*
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | smof |
| - | biopython |
| - | click |
| - | tqdm |
نحوه نصب
نصب پکیج whl flutile-1.0.1:
pip install flutile-1.0.1.whl
نصب پکیج tar.gz flutile-1.0.1:
pip install flutile-1.0.1.tar.gz