معرفی شرکت ها
flowmepy-0.2.16
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
a C++ FCS Loader
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | flowmepy-0.2.16 |
| نام | flowmepy |
| نسخه کتابخانه | 0.2.16 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Markus Diem, Lisa Weijler, Matthias Woedlinger, Florian Kowarsch |
| ایمیل نویسنده | lweijler@cvl.tuwien.ac.at |
| آدرس صفحه اصلی | - |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/flowmepy/ |
| مجوز | - |
# FlowMePy - a Python API for FlowMe
Load FCS 2.0/3.0/3.1 files with super fast C++ code. The FCS processing includes compensation and logicle transform. If FacsDiva projects (XMLs) or Kaluza projects (analysis) are provided, the FlowMePy will label events according to the gates contained.
[Read the Docs](https://kwc.pages.cvl.tuwien.ac.at/dev/flowme-python-api/)
## Install
We provide a pre-compiled package (currently Windows only) which can be installed using:
````console
pip install flowmepy
````
### Dependencies
- `python` (>= 3.6)
- `CMake` (>= 3.14.1)
- `Qt` SDK or the compiled sources (>= 5.11.0)
- `OpenCV` (>= 4.0.0)
- Visual Studio (>= 2015) or gcc
### Configure FlowMe using CMake (Windows only)
- dir to ./flowme
- copy `CMakeUserPathsGit.cmake` and rename it to `CMakeUserPaths.cmake`
- add your library paths to the `${CMAKE_PREFIX_PATH}` in `CMakeUserPaths.cmake`
## Clone
We use submodules for `flowme` and `pybind11` if you clone using
````console
$ git clone --recursive git@smithers.cvl.tuwien.ac.at:kwc/dev/flowme-python-api.git
````
everything should be fine. In case the repository's `flowme` or `pybind11` folders are empty, check if the pull worked as expected:
- don't forget `--recursive`
- windows users: it's easiest if you do not password protect the ssh key
## Build
````console
$ virtualenv env
$ source /env/bin/activate
$ python setup.py install
````
If anything did not work as expected, try building FlowMe as standalone package (see [README](./flowme/README.md)). Then run the above command again.
You can remove old versions using pip:
````console
$ pip uninstall FlowMePy
Successfully uninstalled flowmepy-0.0.3
````
## Packaging FlowMePy
Update pip (on Windows & Linux), then create the wheel:
````console
python -m pip install --upgrade setuptools wheel
python setup.py sdist bdist_wheel
````
where `sdist` creates the source archive (without C++ files) and bdist_wheel creates the build package.
Then, upload the package:
````console
python -m twine upload dist/*
````
in case you want to test your package, use this for uploading:
````console
python -m twine upload --repository-url https://test.pypi.org/legacy/ dist/*
````
Unfortunately, test.pypi.org rejects linux binary wheels - so linux users must build packages on their own.
You can install this package using:
````console
pip install -i https://test.pypi.org/simple/ flowmepy --extra-index-url https://pypi.org/simple
````
## Test
Test flowmepy using:
````console
$ python -m unittest discover -v test
````
## build the docs
````console
$ cd docs
$ make html
````
The compiled docs are here: [`docs/_build/index.html`](docs/_build/index.html)
## FlowMePy in 2 minutes
load an FCS using
````python
import flowme
filepath = "./flowme/src/data/samples/FacsDiva.xml"
sample = flowme.fcs(filepath)
events = sample.events() # get the event data (pandas.DataFrame)
gates = sample.gate_labels() # get gating (GT) information (pandas.DataFrame)
````
Per default events are **not** filtered by any Gate. However, it is possible to pass the name of a filtering gate:
````python
import flowme
filepath = "./flowme/src/data/samples/FacsDiva.xml"
filter_gatename = "viable"
sample = flowme.fcs(filepath, filter_gatename)
````
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=1.17.4 | numpy |
| >=0.24.2 | pandas |
| !=3.16.3 | cmake |
نحوه نصب
نصب پکیج whl flowmepy-0.2.16:
pip install flowmepy-0.2.16.whl
نصب پکیج tar.gz flowmepy-0.2.16:
pip install flowmepy-0.2.16.tar.gz