معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Alignment generator using mappy and Python

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	flowalign-0.9
نام	flowalign
نسخه کتابخانه	0.9
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Theo Sanderson
ایمیل نویسنده	theo@theo.io
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/theosanderson/flowalign
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/flowalign/
مجوز	-

# FlowAlign FlowAlign is a package to simplify realignment to a reference for viral sequences, using only Python packages. (Under the hood it is using minimap2, so it's fast.) ## Installation ```bash pip install flowalign ``` ## Usage (command-line) ```bash flowalign sequences.fasta --reference wuhCor1.fa --output aligned.fa ``` If you omit the output parameter, output will go to STDOUT. ## Usage (Python): First we download the reference, and some unaligned sequences to align to it: ```bash wget https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/wuhCor1/bigZips/wuhCor1.fa.gz && gunzip wuhCor1.fa.gz wget https://data.nextstrain.org/files/ncov/open/global/sequences.fasta.xz && xz --decompress sequences.fasta.xz ``` Then we write a simple Python script, creating an iterator called `aligned` that will yield reference-aligned versions of these unaligned sequences: ```py import flowalign aligned = flowalign.yield_aligned(input="sequences.fasta", reference= "wuhCor1.fa") for name, aligned_sequence in aligned: print(">"+name) print(aligned_sequence) ``` yield_aligned can also take a stream, e.g.: ```py aligned = flowalign.yield_aligned(input=open("sequences.fasta","rt), reference= "wuhCor1.fa") ``` Under the hood, mappy is in some sense calling minimap2 with `--secondary=no --sam-hit-only --score-N=0 -x asm5`. Note that the multiprocessing implementation is fairly hacky which may cause issues. It is mostly expected that `yield_aligned` will be only called once at any one time. ## Acknowledgements This package is developed by me, but it owes almost everything to [sam_2_fasta](https://github.com/cov-ert/datafunk/blob/master/datafunk/sam_2_fasta.py) by [Ben Jackson](https://github.com/benjamincjackson) at the University of Edinburgh -- [major functions](https://github.com/theosanderson/flowalign/blob/main/src/flowalign/functions_based_on_sam_2_fasta.py) are taken from that codebase. (Ben has also ported this code to [gofasta](https://github.com/cov-ert/gofasta)). Sam2fasta is typically run on a SAM file from [minimap2](https://github.com/lh3/minimap2). flowalign incorporates the alignment process using [mappy](https://pypi.org/project/mappy/), the Python-bindings for minimap2. The idea is that one doesn't need any dependencies except Python packages (mappy supplies its own minimap2) to get aligned sequences.

نیازمندی

مقدار	نام
==2.22	mappy
-	tqdm

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl flowalign-0.9:

pip install flowalign-0.9.whl

نصب پکیج tar.gz flowalign-0.9:

pip install flowalign-0.9.tar.gz