معرفی شرکت ها

findltr-0.0.2

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.0.2
0.0.1

توضیحات

Search for LTR retrotransposons.
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل findltr-0.0.2
نام findltr
نسخه کتابخانه 0.0.2
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Eduard Trott
ایمیل نویسنده etrott@redhat.com
آدرس صفحه اصلی https://github.com/maybelinot/findltr
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/findltr/
مجوز GPLv2
.. image:: https://travis-ci.org/maybelinot/findltr.svg :target: https://travis-ci.org/maybelinot/findltr .. image:: https://coveralls.io/repos/maybelinot/findltr/badge.svg :target: https://coveralls.io/r/maybelinot/findltr ====================== findltr ====================== Command-line tool for de novo identification of LTR retrotransposons. Requirements ============ + Basic Local Alignment Search Tool (`BLAST`_):: $ sudo apt-get install ncbi-blast+ Installations ============= Example install, using VirtualEnv:: # install/use python virtual environment virtualenv ~/virtenv_scratch --no-site-packages # activate the virtual environment source ~/virtenv_scratch/bin/activate # upgrade pip in the new virtenv pip install -U pip setuptools # install this package in DEVELOPMENT mode python setup.py develop # or simply install # python setup.py install Options ~~~~~~~ The list of available options: General ------- --input Input **\*.fasta** or **\*.fa** file --output Output **\*.gff** file Search parameters ----------------- +----------------+---------------------------------+----------+ | Option | Description | Default | +================+=================================+==========+ | --algorithm | Algorithm, [kmp|salcp|original] | original | +----------------+---------------------------------+----------+ | --pattern_len | Length of pattern | 20 | +----------------+---------------------------------+----------+ | --min_distance | Minimal distance between LTRs | 1000 | +----------------+---------------------------------+----------+ |--max_distance | Maximal distance between LTRs | 20000 | +----------------+---------------------------------+----------+ |--min_ltr_len | Minimal length of LTRs | 100 | +----------------+---------------------------------+----------+ |--max_ltr_len | Maximal length of LTRs | 1000 | +----------------+---------------------------------+----------+ Other ----- --verbose Include more details --debug Turn on debugging output, do not catch exceptions See ``findltr --help`` for complete list of available options. .. _BLAST: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279690/


نحوه نصب


نصب پکیج whl findltr-0.0.2:

    pip install findltr-0.0.2.whl


نصب پکیج tar.gz findltr-0.0.2:

    pip install findltr-0.0.2.tar.gz