معرفی شرکت ها

findCPcore-0.1.1

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

findCP core package
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل findCPcore-0.1.1
نام findCPcore
نسخه کتابخانه 0.1.1
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Alex Oarga
ایمیل نویسنده alex718123@gmail.com
آدرس صفحه اصلی https://github.com/findCP/findCPcore
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/findCPcore/
مجوز -
[![PyPI version](https://badge.fury.io/py/findCPcore.svg)](https://badge.fury.io/py/findCPcore) [![License: GPL v3](https://img.shields.io/badge/License-GPLv3-blue.svg)](https://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0) [![CI-CD](https://github.com/findCP/findCPcore/actions/workflows/main.yml/badge.svg)](https://github.com/findCP/findCPcore/actions/workflows/main.yml) [![Documentation Status](https://readthedocs.org/projects/findcpcore/badge/?version=latest)](https://findcpcore.readthedocs.io/en/latest/?badge=latest) [![standard-readme compliant](https://img.shields.io/badge/readme%20style-standard-brightgreen.svg)](https://github.com/RichardLitt/standard-readme) [![Binder](https://mybinder.org/badge_logo.svg)](https://mybinder.org/v2/gh/findCP/findCPcore/HEAD?filepath=docs%2Fsource%2FCORE.ipynb) [![DOI](https://zenodo.org/badge/254950974.svg)](https://zenodo.org/badge/latestdoi/254950974) ## findCPcore - find ChokePoint reactions in genome-scale metabolic models ```findCPcore``` is a Python tool for the computation of chokepoint reactions in genome-scale metabolic models. The tool allows the calculation of chokepoints taking into account only the topology of the metabolic network or also using its dynamic information. The documentation can be found at [readthedocs](https://findcpcore.readthedocs.io/en/latest/) and can also be [downloaded](https://findcpcore.readthedocs.io/_/downloads/en/latest/pdf/). A command line application of the tool is provided at [findCPcli](https://github.com/findCP/findCPcli). You can also [try it with Binder](https://mybinder.org/v2/gh/findCP/findCPcore/HEAD?filepath=docs%2Fsource%2FCORE.ipynb). For citation purposes please refer to: Oarga et al. "Growth Dependent Computation of Chokepoints in Metabolic Networks." International Conference on Computational Methods in Systems Biology. Springer, Cham, 2020. https://doi.org/10.1007/978-3-030-60327-4_6 ## Table of Contents - [Install](#install) - [Maintainers](#maintainers) - [Contributing](#contributing) - [License](#license) ## Install ```sh $ pip install findCPcore ``` ## Quickstart Example of network refinement and chokepoint computation: ```python from findCPcore import CobraMetabolicModel model = CobraMetabolicModel("aureus.xml") # update flux bounds with FVA model.fva(update_flux=True) # compute chokepoints model.find_chokepoints() # get chokepoints model.chokepoints() ``` ## Maintainers [@alexOarga](https://github.com/alexOarga) ## Contributing Feel free to dive in! [Open an issue](https://github.com/findCP/findCPcore/issues) or submit PRs. Standard Readme follows the [Contributor Covenant](http://contributor-covenant.org/version/1/3/0/) Code of Conduct. ## License [GPL](LICENSE) © Alex Oarga


نیازمندی

مقدار نام
==0.16.0 cobra
- depinfo
- python-dotenv
- future
- Jinja2
- mpmath
>=1.16.5 numpy
>=1.4.2 optlang
>=0.17.0 pandas
- python-dateutil
- python-libsbml
==5.18.0 python-libsbml-experimental
- pytz
>=0.15 ruamel.yaml
- setuptools
- six
- swiglpk
- sympy
- tabulate
==1.3.0 xlwt


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.5 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl findCPcore-0.1.1:

    pip install findCPcore-0.1.1.whl


نصب پکیج tar.gz findCPcore-0.1.1:

    pip install findCPcore-0.1.1.tar.gz