معرفی شرکت ها
figleaf-fasta-1.1.1
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
figleaf_fasta applies hard/soft masking to a FASTA file or excludes/extracts sub-sequences from a FASTA file.
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | figleaf-fasta-1.1.1 |
| نام | figleaf-fasta |
| نسخه کتابخانه | 1.1.1 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Alex Orlek |
| ایمیل نویسنده | alex.orlek@gmail.com |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/AlexOrlek/figleaf_fasta |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/figleaf-fasta/ |
| مجوز | MIT license |
[](https://doi.org/10.5281/zenodo.4680617)
figleaf_fasta applies hard/soft masking to a FASTA file or excludes/extracts sub-sequences from a FASTA file.<br>
* hard_mask: replace sequence with N, X, or ?
* soft_mask: convert sequence to lowercase
* exclude: exclude sub-sequences and concatenate non-excluded remainder
* extract: extract and concatenate sub-sequences
<br>
Other tools for handling FASTA files (e.g. `bedtools maskfasta`, `bedtools getfasta`, `pybedtools`) require sequence name(s), corresponding to FASTA header names, to be specified (in addition to range information); sequence name specification allows different masking operations to be applied to different records in a multi-FASTA file.<br>
figleaf_fasta is a simple lightweight tool that takes as input a (multi-)FASTA and range start, end positions; masking/exclusion/extraction will be applied to sequence(s) within the (multi-)FASTA, regardless of FASTA header names. This is useful if a user wants to apply the same masking to all FASTA files or all records of a multi-FASTA. A common use case is when handling reference-aligned (same-length) consensus FASTAs.<br>
# Installation
## From pypi
```bash
pip3 install figleaf_fasta
```
## From GitHub repository
```bash
git clone https://github.com/AlexOrlek/figleaf_fasta.git
cd figleaf_fasta
pip3 install .
```
# Options and usage
figleaf_fasta can be run from a Linux command-line as follows:<br>
`figleaf [`*`arguments...`*`]`
figleaf_fasta can be used within a Python script as follows:<br>
`from figleaf_fasta.figleaf import figleaf`<br>
`figleaf([`*`arguments...`*`])`<br>
<br>
Running `figleaf -h` on the command-line produces a summary of the command-line options:
```
usage: figleaf [-h] -fi FASTA_INPUT -r RANGES_PATH -fo FASTA_OUTPUT [--task TASK] [--hard_mask_letter HARD_MASK_LETTER] [--inverse_mask]
figleaf_fasta: apply hard/soft mask to FASTA file or exclude/extract sub-sequences
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
Input:
-fi FASTA_INPUT, --fasta_input FASTA_INPUT
Filepath to input fasta file to be masked (required)
-r RANGES_PATH, --ranges_path RANGES_PATH
Two-column tsv file with rows containing 0-indexed end-exclusive ranges to be masked/excluded/extracted (required)
Output:
-fo FASTA_OUTPUT, --fasta_output FASTA_OUTPUT
Filepath for masked output fasta file (required)
Task:
--task TASK "hard_mask","soft_mask","exclude","extract" (default: hard_mask)
Mask:
--hard_mask_letter HARD_MASK_LETTER
Letter to represent hard_mask regions (N, X or ?) (default: N)
--inverse_mask If flag is provided, all except mask ranges will be masked
```
The same arguments are required when using the figleaf function within a Python script, except that start, end positions can be provided either as a filepath (`ranges_path`), OR as a Python list (`ranges_list`).
# Example
To generate example output in the example/ directory, run:<br>
`python figleaf_fasta.py` or `bash figleaf_fasta.sh`
# License
[MIT License](https://en.wikipedia.org/wiki/MIT_License)
# History
## 1.1.1
- Changed constraints on hardmask letters - can now use "?"
- Fixed bugs when using fasta file with more than one sequence, with --task='exclude' or with --inverse_mask=False
## 1.1.0
- First release on PyPI
### Changed
- Packaged code with `setup.py` and unit testing; uploaded to PyPI
## 1.0.0
- First release, working code
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=1.61 | biopython |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.6 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl figleaf-fasta-1.1.1:
pip install figleaf-fasta-1.1.1.whl
نصب پکیج tar.gz figleaf-fasta-1.1.1:
pip install figleaf-fasta-1.1.1.tar.gz