معرفی شرکت ها
fibresem-0.0.4
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
A small package to automate the SEM analysis of fibrous meshes
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | fibresem-0.0.4 |
| نام | fibresem |
| نسخه کتابخانه | 0.0.4 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Dmitri Visser |
| ایمیل نویسنده | dmitri95dwt@gmail.com |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/dvtxc/fibresem |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/fibresem/ |
| مجوز | - |
# fibresem
[](https://pypi.python.org/pypi/fibresem)
A small python repo to analyse SEM images of fibrous materials. The repo can also be used to annotate SEM images that have been taken with the Zeiss Auriga.
<img src="docs/img/fibresem_overview.png" alt="drawing" width="70%"/>
## Requirements
The diameter analysis requires the [MATLAB® Engine API for Python](https://mathworks.com/help/matlab/matlab-engine-for-python.html). Since this repository is written in Python 3.9, this requires **MATLAB® 2021b** or newer.
## Installation
Install the python fibresem module in a virtual environment `env`:
$ py -m venv env
$ pip install fibresem
The module can now be run within the environment `env` as follows:
$ ./env/Scripts/activate
(env) $ py -m fibresem
To use the fibre diameter analysis, install the MATLAB® Engine API for Python as follows:
$ cd {matlabroot}/extern/engines/python
$ python setup.py build --build-base=$HOME/tmp/build install --user
Remove ``--user`` flag for installation within environment.
## Usage
python -m fibresem [OPTIONS] INPUT_PATH COMMAND1 [ARGS] [COMMAND2 [ARGS]] ...
The following options can be used for `[OPTIONS]`:
* ``-v, --verbose``
* ``--help``
The commands can be chained. The following commands can be used for `[COMMAND1]`, `[COMMAND2]`, `...`.
* ``crop`` Crop and annotate .tif files and export to png. See [Annotating](#annotating).
* ``diam`` Perform diameter analysis. See [Diameter analysis](#diameter-analysis).
* ``rename`` Auto rename files. See [Auto-renaming](#auto-renaming).
E.g.:
python -m fibresem C:\testfiles\ rename overview.txt crop diam --thick-opt
To get help for a specific command, e.g. ``diam``, use:
fibresem diam --help
### Annotating
Cropping and annotating can be done with the ``crop`` command.
py -m fibresem INPUT_PATH crop
* Crops .tif file, removes SEM Bar
* Adds scalebar based on Pixel Size
* Adds sample name
* Saves the image as a .png image in a separate ``/output/`` folder.
### Diameter analysis
Diameter analysis can be done with ``diam`` command using the Simpoly algorithm developed by Murphy et al.[[1]](#1) Requires MATLAB.
py -m fibresem INPUT_PATH diam [options]
Additional options:
* ``--thick-opt/--no-thick-opt`` default: false
### Auto-renaming
py -m fibresem INPUT_PATH rename OVERVIEW_FILE
The ``OVERVIEW_FILE`` should have a structure similar to the following:
img dish pos width remarks sample
1 1 2 20 - PU.088
2 1 2 100 - PU.088
3 1 2 200 - PU.088
## Sample Data
Two sample images are provided in `/sampledata`. To run FibreSem with the sample data, activate the virtual environment. Navigate to the folder containing the sample data or copy the sample data path. (Remember to use double quotes, when the sample data path contains spaces.)
$ ./env/Scripts/activate
(env) $ cd [path to sample data]
(env) $ py -m fibresem -v ./ crop diam --no-thick-opt
The verbose output should be as follows:
[14:56:56] Adding images.
- Input Path: C:\dev\python\sem\fibresem\sampledata
-- sample.01_img08.tif
-- sample.02_img20.tif
[14:56:56] Running command 1 of 2
[14:56:56] Running annotate script on 2 images.
[14:56:56] Annotating sample.01_img08.tif
[14:56:56] -- Cropping
[14:56:56] -- Adding scalebar, pixelsize = 9.766 nm
[14:56:56] -- Adding sample name
[14:56:56] -- Writing output to: sample.01_img08.png
[14:56:57] -- Output written
...
[14:56:58] Running command 2 of 2
[14:56:58] Running script: diameter_analysis
[14:56:58] Engine Handler not defined.
[14:56:58] Matlab module loaded.
[14:56:58] Starting Matlab Engine ...
[14:57:01] Starting diameter analysis.
[14:57:01] Diameter analysis parameter 'optimise_for_thin_fibres' = True
[14:57:01] Analyzing 01 of 2: sample.01_img08.tif
Loading image in MATLAB
Enhance contrast
Erode Grayscale
Morphological Reconstruction
...
sample.01_img08.tif: avgp: 8.570 px sdevp: 1.786 px avg: 0.084 µm sdev: 0.017 µm
sample.02_img20.tif: avgp: 11.949 px sdevp: 3.125 px avg: 0.583 µm sdev: 0.153 µm
[14:57:16] Exporting analysis to C:\dev\python\sem\fibresem\sampledata\export.xlsx
[14:57:17] Successfully exported.
[14:57:17] Saved .mat file
[14:57:17] Process exited.
<img src="docs/img/fig02.png" alt="fig02" width="60%"/>
## To-Dos:
* `(30%)` Port SIMPoly to pure Python code
* `( 0%)` Add automatic quality of analysis indicator.
## References
<a id="1">[1]</a>
Murphy, R., Turcott, A., Banuelos, L., Dowey, E., Goodwin, B., & Cardinal, K. O. (2020). SIMPoly: A Matlab-Based Image Analysis Tool to Measure Electrospun Polymer Scaffold Fiber Diameter. Tissue engineering. Part C, Methods, 26(12), 628–636. https://doi.org/10.1089/ten.TEC.2020.0304
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=2022.2.22 | imagecodecs |
| >=4.8.0 | lxml |
| >=3.5.1 | matplotlib |
| >=1.22.2 | numpy |
| >=1.4.1 | pandas |
| >=7.1.1 | pytest |
| >=1.8.0 | scipy |
| >=8.0.0 | click |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.9 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl fibresem-0.0.4:
pip install fibresem-0.0.4.whl
نصب پکیج tar.gz fibresem-0.0.4:
pip install fibresem-0.0.4.tar.gz