معرفی شرکت ها
fcsy-0.9.0
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
A package for processing FCS files
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | fcsy-0.9.0 |
| نام | fcsy |
| نسخه کتابخانه | 0.9.0 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | yc |
| ایمیل نویسنده | yang.chen@scilifelab.se |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/nehcgnay/fcsy |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/fcsy/ |
| مجوز | MIT license |
[](https://pypi.python.org/pypi/fcsy)
[](https://github.com/nehcgnay/fcsy/blob/master/LICENSE)
[](https://fcsy.readthedocs.io/en/latest/?badge=latest)
[](https://img.shields.io/pypi/dm/fcsy)
[](https://img.shields.io/pypi/pyversions/fcsy)
# fcsy: Python package for processing FCS
fcsy is developed based on [Data File Standard for Flow Cytometry Version FCS 3.1](https://www.genepattern.org/attachments/fcs_3_1_standard.pdf)
# Installation
```console
$ pip install fcsy
```
for working with s3:
```console
$ pip install fcsy[s3]
```
# Usage
## Write and read fcs based on Dataframe
```python
>>> import pandas as pd
>>> from fcsy import DataFrame
>>> data = [[1.0,2.0,3.0],[4.0,5.0,6.0]]
>>> columns = pd.MultiIndex.from_tuples(list(zip('abc', 'ABC')), names=["short", "long"])
>>> df = DataFrame(data, columns=columns)
>>> df
short a b c
long A B C
0 1.0 2.0 3.0
1 4.0 5.0 6.0
>>> df.to_fcs('sample.fcs')
>>> df = DataFrame.from_fcs('sample.fcs', channel_type='multi')
>>> df
short a b c
long A B C
0 1.0 2.0 3.0
1 4.0 5.0 6.0
```
## Work with fcs metadata
Read fcs channels
```python
>>> from fcsy import read_channels
>>> read_channels('sample.fcs', channel_type='multi')
MultiIndex([('a', 'A'),
('b', 'B'),
('c', 'C')],
names=['short', 'long'])
```
Rename channels
```python
>>> from fcsy import rename_channels, read_channels
>>> rename_channels('sample.fcs', {'a': 'a_1', 'b': 'b_1'}, channel_type='short')
>>> read_channels('sample.fcs', channel_type='multi')
MultiIndex([('a_1', 'A'),
('b_1', 'B'),
( 'c', 'C')],
names=['short', 'long'])
>>> rename_channels('sample.fcs', {'A': 'A_1', 'C': 'C_1'}, channel_type='long')
>>> read_channels('sample.fcs', channel_type='multi')
MultiIndex([('a_1', 'A_1'),
('b_1', 'B'),
( 'c', 'C_1')],
names=['short', 'long'])
```
Read events number
```python
>>> from fcsy import read_events_num
>>> read_events_num('sample.fcs')
2
```
## Work with files on aws s3
All apis support s3 url with the format: `s3://{bucket}/{key}`.
<!-- >>> import boto3
>>> from moto import mock_s3
>>> mock = mock_s3()
>>> mock.start()
>>> s3 = boto3.client("s3", region_name="us-east-1")
>>> _ = s3.create_bucket(Bucket='sample-bucket') -->
Write and read
```python
>>> df.to_fcs('s3://sample-bucket/sample.fcs')
>>> df.from_fcs('s3://sample-bucket/sample.fcs', channel_type='multi')
short a b c
long A B C
0 1.0 2.0 3.0
1 4.0 5.0 6.0
```
Read channels
```python
>>> read_channels('s3://sample-bucket/sample.fcs', channel_type='multi')
MultiIndex([('a', 'A'),
('b', 'B'),
('c', 'C')],
names=['short', 'long'])
```
Read events number
```python
>>> read_events_num('s3://sample-bucket/sample.fcs')
2
```
<!-- >>> mock.stop() -->
# Documentation
The documentation is available on [https://fcsy.readthedocs.io/](https://fcsy.readthedocs.io/)
# License
* Free software: MIT license
# History
Consult the [Releases](https://github.com/nehcgnay/fcsy/releases) page for fixes and enhancements of each version.
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=1.10.0 | numpy |
| >=0.24.0 | pandas |
| >=1.10.0 | boto3 |
نحوه نصب
نصب پکیج whl fcsy-0.9.0:
pip install fcsy-0.9.0.whl
نصب پکیج tar.gz fcsy-0.9.0:
pip install fcsy-0.9.0.tar.gz