معرفی شرکت ها
fastx-barber-0.1.5
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
FASTX trimming tools
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | fastx-barber-0.1.5 |
| نام | fastx-barber |
| نسخه کتابخانه | 0.1.5 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Gabriele Girelli |
| ایمیل نویسنده | gigi.ga90@gmail.com |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/ggirelli/fastx-barber |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/fastx-barber/ |
| مجوز | MIT |
# fastx-barber
[](https://zenodo.org/badge/latestdoi/281703558)  
  
 
 
[PyPi](https://pypi.org/project/fastx-barber/) | [docs](https://ggirelli.github.io/fastx-barber/)
A Python3.8+ package to trim and extract flags from FASTA and FASTQ files.
## Features (in short)
* Works on both FASTA and FASTQ files.
* Selects reads based on a pattern (regex).
* Trims reads by pattern (regex), length, or single-base quality.
* Extracts parts (flags) of reads based on a pattern and stores them in the read headers.
* [Generates BED file with the locations of a substring](https://ggirelli.github.io/fastx-barber/usage#find-sequence) in FASTX records.
* Regular expression support [*fuzzy* matching](https://pypi.org/project/regex/#approximate-fuzzy-matching-hg-issue-12-hg-issue-41-hg-issue-109) (*fuzzy matching* might affect the barber's speed).
* Parallelizes processing by splitting the fastx file in chunks.
For more available features, check out our [docs](https://ggirelli.github.io/fastx-barber/)!
## Requirements
`fastx-barber` has been tested with Python 3.8 and 3.9. We recommend installing it using `pipx` (see [below](https://github.com/ggirelli/fastx-barber#install)) to avoid dependency conflicts with other packages. The packages it depends on are listed in our [dependency graph](https://github.com/ggirelli/fastx-barber/network/dependencies). We use [`poetry`](https://github.com/python-poetry/poetry) to handle our dependencies.
## Install
We recommend installing `fastx-barber` using [`pipx`](https://github.com/pipxproject/pipx). Check how to install `pipx` [here](https://github.com/pipxproject/pipx#install-pipx) if you don't have it yet!
Once you have `pipx` ready on your system, install the latest stable release of `fastx-barber` by running: `pipx install fastx-barber`. If you see the stars (✨ 🌟 ✨), then the installation went well!
## Usage
Run:
* `fbarber` to access the barber's services.
* `fbarber find_seq` to extract the locations of a sequence (e.g., restriction site) in FASTX records.
* `fbarber flag` to extract or manipulate read flags.
* `fbarber match` to select reads based on a pattern (regular expression).
* `fbarber trim` to trim your reads.
Add `-h` to see the full help page of a command!
## Contributing
We welcome any contributions to `fastx-barber`. In short, we use [`black`](https://github.com/psf/black) to standardize code format. Any code change also needs to pass `mypy` checks. For more details, please refer to our [contribution guidelines](https://github.com/ggirelli/fastx-barber/blob/main/CONTRIBUTING.md) if this is your first time contributing! Also, check out our [code of conduct](https://github.com/ggirelli/fastx-barber/blob/main/CODE_OF_CONDUCT.md).
## License
`MIT License - Copyright (c) 2020-21 Gabriele Girelli`
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=1.77,<2.0 | biopython |
| >=0.16,<1.1 | joblib |
| >=1.19.1,<2.0.0 | numpy |
| >=1.1.2,<2.0.0 | pandas |
| >=6.1.1,<7.0.0 | pytest |
| >=2020.7.14,<2022.0.0 | regex |
| >=9,<11 | rich |
| >=4.48.1,<5.0.0 | tqdm |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.8,<4.0 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl fastx-barber-0.1.5:
pip install fastx-barber-0.1.5.whl
نصب پکیج tar.gz fastx-barber-0.1.5:
pip install fastx-barber-0.1.5.tar.gz