معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

python API for parsing FastQC output

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	fastqcparser-1.1
نام	fastqcparser
نسخه کتابخانه	1.1
نگهدارنده	['Adam Labadorf']
ایمیل نگهدارنده	['labadorf@bu.edu']
نویسنده	Adam Labadorf
ایمیل نویسنده	labadorf@bu.edu
آدرس صفحه اصلی	http://bitbucket.org/bubioinformaticshub/fastqcparser
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/fastqcparser/
مجوز	-

# Welcome to fastqcparser python API for parsing the output of `FastQC <https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/>`. # Installation 1. Recomended way to install is using ``pip`` ``` pip install fastqcparser ``` 2. Alternatively you can install with ``easy_install`` :: ``` easy_install fastqcparser ``` 3. You can also install from Github source code. :: ``` cd git clone http://bitbucket.org/bubioinformaticshub/fastqcparser.git cd fastqcparser python setup.py install ``` # Usage/lazy documentation ```python # import fastqcparser from pprint import pprint from fastqcparser import FastQCParser # load file f = FastQCParser('/path/to/fastqc_output_file.txt') # or f = FastQCParser('/path/to/fastqc.zip') # or with open('/path/to/fastqc_data.txt') as fp : f = FastQCParser(fp) # or with FastQCParser('/path/to/fastqc_output_file.txt') as f : print(f) # some convenience fields are available from the Basic Statistics module print('\n'.join([ f.filename, f.file_type, f.encoding, f.total_sequences, f.filtered_sequences, f.sequence_length, f.percent_gc ])) # the available modules are in f.modules pprint(list(f.modules.keys())) #['Basic Statistics', # 'Per base sequence quality', # 'Per sequence quality scores', # 'Per base sequence content', # 'Per base GC content', # 'Per sequence GC content', # 'Per base N content', # 'Sequence Length Distribution', # 'Sequence Duplication Levels', # 'Overrepresented sequences', # 'Kmer Content'] # you can access an individual module either as a key of f.modules or using # f itself: pprint(f.modules['Basic Statistics']) pprint(f['Basic Statistics']) # each module contains a dictionary pprint(f['Basic Statistics']) #{'addnl': {}, # 'data': [['Filename', 'sample1.fastq'], # ['File type', 'Conventional base calls'], # ['Encoding', 'Sanger / Illumina 1.9'], # ['Total Sequences', 1571332], # ['Filtered Sequences', 0], # ['Sequence length', 29], # ['%GC', 53]], # 'fieldnames': ['Measure', 'Value'], # 'name': 'Basic Statistics', # 'status': 'pass'} # 'data' contains the tabular data from the module as a list of lists, with # numerical values cast to ints and floats as appropriate # 'fieldnames' contains the names of each column in 'data' # 'name' is the name of the module, same as the key # 'status' is pass/warn/fail as reported by fastqc # 'addnl' contains extra fields for some modules ```

نحوه نصب

نصب پکیج whl fastqcparser-1.1:

pip install fastqcparser-1.1.whl

نصب پکیج tar.gz fastqcparser-1.1:

pip install fastqcparser-1.1.tar.gz