معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

A python module to process minion fastq files by concatenating reads as they are generated

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	fastq-handler-0.2.0
نام	fastq-handler
نسخه کتابخانه	0.2.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	SantosJGND
ایمیل نویسنده	dourado.jns@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	-
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/fastq-handler/
مجوز	MIT

# Fastq Handler [![PyPI version](https://badge.fury.io/py/fastq-handler.svg)](https://badge.fury.io/py/fastq-handler) [![PyPI pyversions](https://img.shields.io/pypi/pyversions/fastq-handler.svg)](https://pypi.python.org/pypi/fastq-handler/) [![PyPI license](https://img.shields.io/pypi/l/fastq-handler.svg)](https://pypi.python.org/pypi/fastq-handler/) [![PyPI format](https://img.shields.io/pypi/format/fastq-handler.svg)](https://pypi.python.org/pypi/fastq-handler/) _A python module to process ONT fastq files by concatenating reads as they are generated during a sequencing run_ ## INTRODUCTION The _fastqc-handler_ module screens folders and subfolders for fastq (fastq or fastq.gz format) files and concatenates them iteratively. This is useful for merging same-sample reads that are split into multiple files, as commonly obtained in ONT sequencing. The output is a one file per output fastq.gz, containing all reads from the previous files. The output directory structure is maintained. ## INPUT A directory containing fastq files. The files can be in subfolders (each representing a different sample). The files can be gzipped or not. ## API ```bash usage: fastq_handler [-h] -i IN_DIR -o OUT_DIR [-s SLEEP] [-n TAG] [--keep_names] [--monitor] [--max-size MAX_SIZE] [--downsize] [--merge] Process fastq files. optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i IN_DIR, --in_dir IN_DIR Input directory -o OUT_DIR, --out_dir OUT_DIR Output directory -s SLEEP, --sleep SLEEP Sleep time -n TAG, --tag TAG name tag, if given, will be added to the output file names --keep_names keep original file names --monitor run indefinitely --max-size MAX_SIZE max size of the output file, in kilobytes --downsize downsize fastq files to max-size --merge merge files ``` ## REQUIREMENTS **Modules** - dataclasses==0.6 - natsort==8.3.1 - pandas==1.5.3 - setuptools==57.4.0 - xopen==1.7.0 ## INSTALLATION ```bash python -m venv .venv source .venv/bin/activate python -m pip install fastq-handler ``` ## MAIN OUTPUTS > **Note:** The output directory structure is maintained. - **fastq.gz** files containing all reads from the previous files. - **log.txt** file containing the concatenation process. ## Maintainers - [**@xiaodre21**](https://github.com/xiaodre21) - [**@santosjgnd**](https://github.com/SantosJGND) - [**@insaflu**](https://github.com/insapathogenomics)

نیازمندی

مقدار	نام
==0.6	dataclasses
==8.3.1	natsort
==1.5.3	pandas
==21.2.3	pip
==57.4.0	setuptools
==1.7.0	xopen
>=0.10.0,<0.11.0	dnaio
>=0.3.0,<0.4.0	fastq-filter

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.9,<4.0	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl fastq-handler-0.2.0:

pip install fastq-handler-0.2.0.whl

نصب پکیج tar.gz fastq-handler-0.2.0:

pip install fastq-handler-0.2.0.tar.gz