معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

A wrapper to the FastANI program.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	fastani-1.1.0
نام	fastani
نسخه کتابخانه	1.1.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Aaron Mussig
ایمیل نویسنده	aaronmussig@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/aaronmussig/FastANI
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/fastani/
مجوز	GNU AGPLv3

# FastANI [![PyPI](https://img.shields.io/pypi/v/fastani)](https://pypi.python.org/pypi/fastani) This package has been developed to provide a Python interface to the [FastANI](https://github.com/ParBLiSS/FastANI) tool. ## Installation Note: You must install the FastANI binaries yourself for this package to work. This package only has standard dependencies and works for Python versions >=3.6. ```shell pip install fastani ``` ## Basic Usage Note: All features except for the matrix and visualization method have been implemented. To use this package, simply call the `fastani` method, all parameters except for the `query` and `reference` arguments are optional, and in this case the FastANI default values are used. The `query` and `reference` arguments can either be a string, or collection of strings that point to the fasta file(s). ```python from fastani import fastani result = fastani(query='query.fna', reference='reference.fna') dict_results = result.as_dict() # Accessing results print(dict_results['query.fna']['reference.fna'].ani) # 89.1234 print(dict_results['query.fna']['reference.fna'].n_frag) # 50 print(dict_results['query.fna']['reference.fna'].total_frag) # 100 print(dict_results['query.fna']['reference.fna'].align_frac) # 0.5 # Writing results to disk result.to_file('results.txt') ``` The FastANI default parameters can be overridden by passing the following arguments: * `exe`: The path to the FastANI binary. * `k`: The kmer size to use. * `cpus`: The number of CPUs to use. * `frag_len`: Fragment length to use. * `min_frac`: Minimum fraction of genome shared. * `min_frag`: Minimum number of aligned fragments `(version < 1.3)`. ## Advanced Usage There are two additional arguments that can be supplied to the `fastani` method: * `single_execution`: If set to `True` (default), FastANI will use the query and reference list parameters. If set to `False`, then each genome will be analysed individually. * `bidirectional`: If set to `False` (default), FastANI will only perform a `query -> reference` comparison. If set to `True`, then a `reference -> query` comparison will also be performed.

نیازمندی

مقدار	نام
-	tqdm

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl fastani-1.1.0:

pip install fastani-1.1.0.whl

نصب پکیج tar.gz fastani-1.1.0:

pip install fastani-1.1.0.tar.gz