معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Simplest possible fasta parser

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	fastalite-0.4.1
نام	fastalite
نسخه کتابخانه	0.4.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Noah Hoffman
ایمیل نویسنده	noah.hoffman@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/nhoffman/fastalite
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/fastalite/
مجوز	-

=========== fastalite =========== .. image:: https://travis-ci.org/nhoffman/fastalite.svg?branch=master :target: https://travis-ci.org/nhoffman/fastalite The simplest possible fasta and fastq parsers I could come up with. Useful for simple manipulations of sequence files without creating complex dependencies. The ``fastalite`` and ``fastqlite`` functions return an iterator of namedtuples, each with attributes `id`, (the header line before the first whitespace) `description` (the entire header line), and `seq` (the sequence as a string). ``fastqlite`` output also has an attribute ``qual`` containing the quality scores. For example:: from fastalite import fastalite with open('inseqs.fasta') as infile, open('outseqs.fasta', 'w') as outfile: for seq in fastalite(infile): outfile.write('>{}\n{}\n'.format(seq.id, seq.seq)) The ``fastqlite`` parser also performs some limited error checking and raises ``ValueError`` when it encounters a malformed record. The ``Opener`` class may be used in place of ``argparse.FileType`` to support transparent reading and writing of compressed files (inferred from a .gz or .bz2 suffix), for example:: import argparse from fastalite import Opener, fastalite parser = argparse.ArgumentParser() parser.add_argument('infile', type=Opener()) args = parser.parse_args(arguments) seqs = fastalite(args.infile) You can perform a few actions on input files using the command line interface. For a list of available commands:: python -m fastalite -h Installation ============ Compatible with Python versions 2.7 and 3.4+ Install from PyPi using pip:: pip install fastalite Or install directly from the git repository:: pip install git+https://github.com/nhoffman/fastalite.git Testing ======= Run all tests like this:: python setup.py test

نحوه نصب

نصب پکیج whl fastalite-0.4.1:

pip install fastalite-0.4.1.whl

نصب پکیج tar.gz fastalite-0.4.1:

pip install fastalite-0.4.1.tar.gz