معرفی شرکت ها

fastafurious-1.2.5

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
1.2.5
1.2.4
1.2.3
1.2.2
1.2.1
1.2.0
1.2.5
1.2.4
1.2.3
1.2.2
1.2.1
1.2.0

توضیحات

Bundled utilities for manipulating and integrating FASTA files
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل fastafurious-1.2.5
نام fastafurious
نسخه کتابخانه 1.2.5
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Matthew Watson
ایمیل نویسنده matthew.watson@uhn.ca
آدرس صفحه اصلی https://github.com/matt-sd-watson/FASTAfurious/
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/fastafurious/
مجوز -
# FASTAfurious [![PyPI version](https://badge.fury.io/py/fastafurious.svg)](https://badge.fury.io/py/fastafurious) ![example workflow](https://github.com/matt-sd-watson/FASTAfurious/actions/workflows/main.yml/badge.svg) \ Bundled utilities for manipulation and integration of FASTA files FASTAfurious provides a set of utilities for the following routine FASTA modifications: - creating a FASTA subset based on a list of sequence names (inclusion or exclusion) - printing statistics and filtering sequences based on genome completeness and length - renaming fasta headers based on a data sheet # Installation ``` git clone https://github.com/matt-sd-watson/FASTAfurious.git && cd FASTAfurious conda env create -f environment.yml conda activate fastafurious pip install . ``` # Updating ``` cd FASTAfurious && git pull pip install . ``` # Usage ``` fastafurious -h usage: fastafurious [-h] {filter,composition,subset,rename,compare} ... fastafurious: Bundled utilities for manipulating and integrating FASTA files optional arguments: -h, --help show this help message and exit subcommands: fastafurious provides a series of bundled functions to easily manipulate and integrate FASTA FILES into routine bioinformatics workflows {filter,composition,subset,rename,compare} filter filter sequences in FASTA based on completeness and length composition Print the composition statistics of FASTA sequences (completeness/length) subset Create a FASTA subset based on a txt list or bash record input rename Rename the headers of a fasta file based on the columns of a CSV file compare Compare the header entries of two FASTA input files version Print the current FASTAfurious version then exit. ``` # Acknowledgments code for fastafurious subset was based on the python script originally written by santiagosnchez [here](https://github.com/santiagosnchez/faSomeRecords)


نیازمندی

مقدار نام
>=1.1.5 pandas
>=1.19 numpy
>=1.79 biopython
>=1.8 pypandoc
>=7.1.2 pytest


نحوه نصب


نصب پکیج whl fastafurious-1.2.5:

    pip install fastafurious-1.2.5.whl


نصب پکیج tar.gz fastafurious-1.2.5:

    pip install fastafurious-1.2.5.tar.gz