معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

A very simple fasta file parser.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	fastaframes-0.0.2
نام	fastaframes
نسخه کتابخانه	0.0.2
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	-
ایمیل نویسنده	Patrick Garrett <pgarrett@scripps.edu>
آدرس صفحه اصلی	-
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/fastaframes/
مجوز	-

![example workflow](https://github.com/pgarrett-scripps/FastaFrames/actions/workflows/python-package.yml/badge.svg) ![example workflow](https://github.com/pgarrett-scripps/FastaFrames/actions/workflows/pylint.yml/badge.svg) # FastaFrames This Python module provides a set of functions to work with FASTA files. It allows you to read FASTA files, convert them to pandas dataframes, manipulate data, and write data back to FASTA files. It also supports converting FASTA files to a list of FastaEntry dataclass objects. ## Features - Read FASTA files into pandas DataFrames - Write FASTA files from pandas DataFrames ## Usage To install fastaframes use pip: ```sh pip install fastaframes ``` ### Reading FASTA files To read a FASTA file and convert it to a pandas DataFrame: ```python from fastaframes import to_df # IO input with open('example.fasta', 'r') as fasta_io: fasta_df = to_df(fasta_data=fasta_io) # or # File input fasta_df = to_df(fasta_data='example.fasta') print(fasta_df.head()) ``` ### Writing FASTA files To write a pandas DataFrame to a FASTA file: ```python from fastaframes import to_fasta # Write StringIO to file fasta_io = to_fasta(fasta_data=fasta_df) # outputs StringIO if file=None with open('output.fasta', 'w') as output_file: output_file.write(fasta_io.getvalue()) # or # Write directly to file to_fasta(fasta_data=fasta_df, file='output.fasta') ``` ## Example DataFrame: | | db | unique_identifier | entry_name | protein_name | organism_name | organism_identifier | gene_name | protein_existence | sequence_version | protein_sequence | |---|----|------------------|--------------|------------------------------------------------------|---------------|---------------------|-----------|-------------------|------------------|--------------------------------------------------------| | 0 | sp | A0A087X1C5 | CP2D7_HUMAN | Putative cytochrome P450 2D7 | Homo sapiens | 9606.0 | CYP2D7 | 5.0 | 1.0 | MGLEALVPLAMIVAIFLLLVDLMHRHQRWAARYPPGPLPLPGLGNLLHVDFQNTPYCFDQ | | 1 | sp | A0A0B4J2F2 | SIK1B_HUMAN | Putative serine/threonine-protein kinase SIK1B | Homo sapiens | 9606.0 | SIK1B | 5.0 | 1.0 | MVIMSEFSADPAGQGQGQQKPLRVGFYDIERTLGKGNFAVVKLARHRVTKTQVAIKIIDKLVQ | | 2 | sp | A0A0C5B5G6 | MOTSC_HUMAN | Mitochondrial-derived peptide MOTS-c | Homo sapiens | 9606.0 | MT-RNR1 | 1.0 | 1.0 | MRWQEMGYIFYPRKLR | | 3 | sp | A0A0K2S4Q6 | CD3CH_HUMAN | Protein CD300H | Homo sapiens | 9606.0 | CD300H | 1.0 | 1.0 | MTQRAGAAMLPSALLLLCVPGCLTVSGPSTVMGAVGESLSVQCRYEEKYKTFNKYWCRQP |

نیازمندی

مقدار	نام
-	pandas

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.8	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl fastaframes-0.0.2:

pip install fastaframes-0.0.2.whl

نصب پکیج tar.gz fastaframes-0.0.2:

pip install fastaframes-0.0.2.tar.gz