معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

EZCalour: GUI frontend tool for Calour microbiome analysis software

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	ezcalour-1.12.4
نام	ezcalour
نسخه کتابخانه	1.12.4
نگهدارنده	['calour development team']
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	calour development team
ایمیل نویسنده	-
آدرس صفحه اصلی	http://microbio.me/calour
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/ezcalour/
مجوز	GPL

# EZCalour Welcome to EZCalour, the point and click GUI for the [Calour](https://github.com/amnona/Calour) microbiome analysis software. <div align="center"> <img width="23%" src="https://github.com/amnona/EZCalour/blob/master/images/main_gui.png" alt="Main GUI" title="Main GUI"</img> <img width="39%" src="https://github.com/amnona/EZCalour/blob/master/images/heatmap.png" alt="Interactive heatmap" title="Interactive heatmap"</img> <img width="30%" src="https://github.com/amnona/EZCalour/blob/master/images/enriched.png" alt="DBBact enrichment" title="DBBact enrichment"</img> </div> ## EZCalour installation Simple installers (just download and run): * [Windows](https://sourceforge.net/projects/ezcalour/files/ezcalour_installer.exe/download) * [Mac OSX](https://sourceforge.net/projects/ezcalour/files/EZCalour.dmg/download) (open the .dmg file and drag the EZCalour icon to the applications folder icon) Alternatively, you can install via console as part of the calour installation using [these instructions](https://github.com/amnona/EZCalour/blob/master/INSTALLATION.md) ## Documentation Detailed documentation for using EZCalour can be found [here](https://github.com/amnona/EZCalour/blob/master/using-ezcalour.pdf) ## Simple analysis workflow: ### 1. Load the experiment: **Amplicon experiment** 1a. Load the data using the "Load" button on the top-left corner 1b. Select the biom table file (mandatory), and the mapping file (optional) 1c. Select "amplicon experiment" from the Type combo box **Metabolomics experiment** 1a. Load the data using the "Load" button on the top-left corner 1b. Select the csv bucket table file (mandatory), and the mapping file (optional) 1c. If each row in the csv bucket table corresponds to a sample, select "Metabolomics - samples are rows" from the Type combo box. Otherwise, select "Metabolomics - samples are columns" 1d. If you have a GNPS data file (see [here](https://github.com/amnona/gnps-calour) for instructions), you can supply this file in the GNPS file field, in order to get GNPS annotations for each metabolite ### 2. Filter the samples of interest Select "Filter" in the "Samples" tab, select the values you want to keep (or throw away using the "negate" checkbox) ### 3. Cluster features (so similar behaving features will be close to each other) Select "Cluster" in the "Features" tab. You can also enter a minimal threshold for keeping features (i.e. throw away features with reads sum over all samples < threshold). ### 4. Plot an interactive heatmap Select the plot button at the bottom. You can choose a sample field to sort by, as well as bars for the x and y axis Keyboard shortcuts for the heatmap are described [here](http://biocore.github.io/calour/generated/calour.heatmap.plot.html#calour.heatmap.plot)

نیازمندی

مقدار	نام
-	matplotlib
-	pyqt5
-	numpy
-	calour
-	dbbact-calour
-	coverage
>=1.4	Sphinx
-	nose
-	pep8
-	flake8

نحوه نصب

نصب پکیج whl ezcalour-1.12.4:

pip install ezcalour-1.12.4.whl

نصب پکیج tar.gz ezcalour-1.12.4:

pip install ezcalour-1.12.4.tar.gz