معرفی شرکت ها
eyepie-0.9.2
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
A python package to read, analyse and visualize OCT and fundus data form various sources.
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | eyepie-0.9.2 |
| نام | eyepie |
| نسخه کتابخانه | 0.9.2 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Olivier Morelle |
| ایمیل نویسنده | oli4morelle@gmail.com |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/MedVisBonn/eyepy |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/eyepie/ |
| مجوز | MIT |
<h1 align="center">eyepy</h1>
<p align="center">
Use Python to import, analyse and visualize retinal imaging data.
</p>
[](https://MedVisBonn.github.io/eyepy)
[](https://badge.fury.io/py/eyepie)
[](https://zenodo.org/badge/latestdoi/292547201)
The `eyepy` python package provides a simple interface to import and process OCT volumes. Everything you import with one of our import functions becomes an `EyeVolume` object which provides a unified interface to the data. The `EyeVolume` object provides methods to plot the localizer (fundus) image and B-scans as well as to compute and plot quantifications of voxel annotations such as drusen. Check out the [documentation](https://MedVisBonn.github.io/eyepy), especially the [Cookbook](https://medvisbonn.github.io/eyepy/cookbook/) chapter, for more information.
## Features
* Import Data (Heyex-E2E, Heyex-VOL, Heyex-XML, Topcon-FDA, B-Scan collections, [RETOUCH Challenge](https://retouch.grand-challenge.org/), [AMD Dataset from Duke University](https://people.duke.edu/~sf59/RPEDC_Ophth_2013_dataset.htm))
* Analyze OCT volumes (compute and quantify drusen)
* Visualize OCT volumes with annotations and quantifications
* Save and load EyeVolume objects
## Getting Started
### Installation
To install the latest version of eyepy run `pip install -U eyepie`. It is `eyepie` and not `eyepy` for installation with pip.
### Getting Started
When you don't hava a supported OCT volume at hand you can check out our sample dataset to get familiar with `eyepy`.
```python
from eyepy.data import load
ev = load("drusen_patient")
```
If you have data at hand use one of eyepys import functions.
```python
# Import HEYEX E2E export
ev = ep.import_heyex_e2e("path/to/file.e2e")
# Import HEYEX XML export
ev = ep.import_heyex_xml("path/to/folder")
# Import HEYEX VOL export
ev = ep.import_heyex_vol("path/to/file.vol")
# Import Topcon FDA export
ev = ep.import_topcon_fda("path/to/file.fda")
# Import volume from Duke public dataset
ev = ep.import_duke_mat("path/to/file.mat")
# Import volume form RETOUCH challenge
ev = ep.import_retouch("path/to/volume_folder")
```
# Related Projects:
+ [OCT-Converter](https://github.com/marksgraham/OCT-Converter): Extract raw optical coherence tomography (OCT) and fundus data from proprietary file formats. (.fds/.fda/.e2e/.img/.oct/.dcm)
+ [eyelab](https://github.com/MedVisBonn/eyelab): A GUI for annotation of OCT data based on eyepy
+ Projects by the [Translational Neuroimaging Laboratory](https://github.com/neurodial)
+ [LibOctData](https://github.com/neurodial/LibOctData)
+ [LibE2E](https://github.com/neurodial/LibE2E)
+ [OCT-Marker](https://github.com/neurodial/OCT-Marker)
+ [UOCTE](https://github.com/TSchlosser13/UOCTE) Unofficial continuation of https://bitbucket.org/uocte/uocte
+ [OCTAnnotate](https://github.com/krzyk87/OCTAnnotate)
+ [heyexReader](https://github.com/ayl/heyexReader)
+ [OCTExplorer](https://www.iibi.uiowa.edu/oct-reference) Iowa Reference Algorithm
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=0.5.5,<0.6.0 | construct-typing |
| >=2023.1.23,<2024.0.0 | imagecodecs |
| >=2.25.1,<3.0.0 | imageio |
| >=5.3.0,<6.0.0 | itk |
| >=3.5.1,<4.0.0 | matplotlib |
| >=2.3.1,<3.0.0 | nptyping |
| >=1.22.0 | numpy |
| >=0.5.6,<0.6.0 | oct-converter |
| >=1.5.3,<2.0.0 | pandas |
| ==0.20.0 | scikit-image |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.8,<3.11 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl eyepie-0.9.2:
pip install eyepie-0.9.2.whl
نصب پکیج tar.gz eyepie-0.9.2:
pip install eyepie-0.9.2.tar.gz