معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

To extract some sites from a multiple sequence alignment. By Guanliang MENG, go to https://github.com/linzhi2013 for more details.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	extract-specific-sites-from-msa-0.0.2
نام	extract-specific-sites-from-msa
نسخه کتابخانه	0.0.2
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Guanliang Meng
ایمیل نویسنده	mengguanliang@foxmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/linzhi2013
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/extract-specific-sites-from-msa/
مجوز	-

# extract_specific_sites_from_msa ## 1 Introduction `extract_specific_sites_from_msa` is a tool to extract some sites (or codon) from a multiple sequence alignment. ## 2 Installation pip install extract_specific_sites_from_msa There will be a command `extract_specific_sites_from_msa` created under the same directory as your `pip` command. ## 3 Usage usage: extract_specific_sites_from_msa [-h] [-infile <file>] [-format {fasta,emboss,stockholm,phylip,phylip-relaxed,clustal}] [-outformat {fasta,emboss,stockholm,phylip,phylip-relaxed,clustal}] [-outfile <file>] [-config <file>] [-codon <int>] To extract some sites (or codon) from a multiple sequence alignment. By Guanliang MENG, go to https://github.com/linzhi2013/extract_specific_sites_from_msa for more details. optional arguments: -h, --help show this help message and exit -infile <file> input multiple sequence alignment file -format {fasta,emboss,stockholm,phylip,phylip-relaxed,clustal} input file format [phylip-relaxed] -outformat {fasta,emboss,stockholm,phylip,phylip-relaxed,clustal} output file format [fasta] -outfile <file> outfile -config <file> a file containing the sites to be extracted (1 left- based). do not support 2-5, you should write 2 3 4 5 instead, the site numbers in config can be on one line or multiple lines. -codon <int> codon site to be extracted [2] ## Author Guanliang MENG ## Citation Currently I have no plan to publish `extract_specific_sites_from_msa`. However, since `extract_specific_sites_from_msa` makes use of Biopython, you should cite it if you use msaconverter in your work: Peter J. A. Cock, Tiago Antao, Jeffrey T. Chang, Brad A. Chapman, Cymon J. Cox, Andrew Dalke, Iddo Friedberg, Thomas Hamelryck, Frank Kauff, Bartek Wilczynski, Michiel J. L. de Hoon: “Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics”. Bioinformatics 25 (11), 1422–1423 (2009). https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp163 Please go to http://www.biopython.org/ for more details.

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl extract-specific-sites-from-msa-0.0.2:

pip install extract-specific-sites-from-msa-0.0.2.whl

نصب پکیج tar.gz extract-specific-sites-from-msa-0.0.2:

pip install extract-specific-sites-from-msa-0.0.2.tar.gz