معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

To extract some codon positions (1st, 2nd, 3rd) from a CDS alignment.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	extract-codon-alignment-0.0.1
نام	extract-codon-alignment
نسخه کتابخانه	0.0.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Guanliang Meng
ایمیل نویسنده	linzhi2012@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/linzhi2013/extract_codon_alignment
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/extract-codon-alignment/
مجوز	-

# extract-codon-alignment ## 1 Introduction `extract-codon-alignment` (https://github.com/linzhi2013/extract_codon_alignment) is a tool to extract some codon positions (1st, 2nd, 3rd) from a CDS alignment with `Biopython` (http://www.biopython.org/) ## 2 Installation $ pip install extract-codon-alignment # or with Bioconda conda install extract-codon-alignment There will be a command `extract_codon_alignment` created under the same directory as your `pip` command. ## 3 Usage $ extract_codon_alignment usage: extract_codon_alignment [-h] --alignedCDS <file> [--aln_format <format>] [--codonPoses {1,2,3,12,13,23}] --outAln <file> To extract some codon positions (1st, 2nd, 3rd) from a CDS alignment. optional arguments: -h, --help show this help message and exit --alignedCDS <file> The CDS alignment. --aln_format <format> the file format for the CDS alignment. Anything accepted by BioPython is fine [fasta] --codonPoses {1,2,3,12,13,23} Codon position(s) to be extracted [12] --outAln <file> output file name ## Author Guanliang MENG ## Citation Currently I have no plan to publish `extract-codon-alignment`. However, since `extract-codon-alignment` makes use of `Biopython`, you should cite it if you use `extract-codon-alignment` in your work: Peter J. A. Cock, Tiago Antao, Jeffrey T. Chang, Brad A. Chapman, Cymon J. Cox, Andrew Dalke, Iddo Friedberg, Thomas Hamelryck, Frank Kauff, Bartek Wilczynski, Michiel J. L. de Hoon: “Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics”. Bioinformatics 25 (11), 1422–1423 (2009). https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp163 Please go to `http://www.biopython.org/` for more details.

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl extract-codon-alignment-0.0.1:

pip install extract-codon-alignment-0.0.1.whl

نصب پکیج tar.gz extract-codon-alignment-0.0.1:

pip install extract-codon-alignment-0.0.1.tar.gz