معرفی شرکت ها

extPep-identifier-blackjack-0.0.9

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.0.9
0.0.8
0.0.9
0.0.8

توضیحات

Extended peptides identification given mass-spec search result and custom proteomic database
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل extPep-identifier-blackjack-0.0.9
نام extPep-identifier-blackjack
نسخه کتابخانه 0.0.9
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Xinhao Shao
ایمیل نویسنده -
آدرس صفحه اصلی http://git.pepchem.org/gaolab/api_ribo_ext
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/extPep-identifier-blackjack/
مجوز -
# ExtPep_identifier _Xinhao Shao @Collage of Pharmacy, University of Illinois at Chicago_<br/> ## Purpose of the script ExtPep_identifier allows researchers to efficiently identify potential extended peptides given mass-spec search results and custom database. The extended peptides can be identified after mapping all of the identified peptides to a custom extended database, followed by a standard non-extended database. ## Usage **1. Package installation**<br/> Install the package by running:<br/> _pip install extPep-identifier-blackjack==0.0.9(or current version)_<br/><br/> **2. Import the package**<br/> _import ExtPep_identifier_<br/><br/> **3. Prepare for a few parameters before calling main function**<br/> \# a list of identified peptides strings, ex. ['PEPTIDE','TIDEPEP']<br/> _peptide_list=your_peptide_getter_function(search_result_file)_ <br/><br/> \# a dictionary structure with identified peptide with key, the number of times such peptide being identified as value, ex. {'PEPTIDE':4,'TIDEPEP':5}<br/> _psm_dictionary = your_psm_getter_function(search_result_file)_ <br/><br/> \# a dictionary structure with protein ID as key, it's extended sequence as value, ex. {'P1':'PEPTIDEPEP'}<br/> _merged_protein_dictionary = your_fasta_reader(custom_ext_database_file_path)_<br/><br/> \# a dictionary structure with protein ID as key, it's original sequence as value, ex. {'P1':'PEPTIDEP'}<br/> _original_protein_dictionary = your_fasta_reader(original_db_file_path)_<br/><br/> **4. Calling main function**<br/> _ext_pep_list, ext_psm_list, ext_protein_set = ExtPep_identifier.\_\_main\_\_(peptide_list,psm_dictionary,merged_protein_dictionary,original_protein_dictionary)_ ## How to cite: _Kyle Mangano, Tanja Florin, Xinhao Shao, Dorota Klepacki, Irina Chelysheva, Zoya Ignatova, Yu Gao, Alexander Mankin, View ORCID ProfileNora Vázquez-Laslop "Genome-wide effects of the antimicrobial peptide apidaecin on translation termination", accepted by eLife_


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.6 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl extPep-identifier-blackjack-0.0.9:

    pip install extPep-identifier-blackjack-0.0.9.whl


نصب پکیج tar.gz extPep-identifier-blackjack-0.0.9:

    pip install extPep-identifier-blackjack-0.0.9.tar.gz